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猪13号染色体上拷贝数变异区内基因信息发掘及遗传规律分析
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:遗传
  • 时间:0
  • 页码:-
  • 分类:Q965.91[生物学—昆虫学]
  • 作者机构:[1]华中农业大学动物科技学院,农业动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,武汉430070
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(编号:31072012)和全国大学生创新创业训练计划创新训练项目(编号:201210504001)资助
  • 相关项目:猪拷贝数变异(CNVs)的全基因组发掘及肌肉生长相关基因的鉴定
中文摘要:

拷贝数变异(Copy number variation,CNV)是染色体上发生的一种微结构变异,已引起越来越多研究者的关注.本课题组前期已获得猪13号染色体上的32个CNV区域(CNVregion,CNVR),为了发掘CNVR内的基因信息,文章在线检索了上述CNVR内的基因并进行基因本体(Gene Ontology)分析.结果共发现236个基因,其中有注释基因169个,主要参与蛋白质水解、细胞粘附、大分子降解等生物过程.为了探索这些基因拷贝数变异的遗传规律,文章选择RCAN1(Regulators of calcineurin1)基因为候选基因,利用QPCR方法在莱芜猪群中检测了该基因的拷贝数,并分析了CNV在莱芜猪3个家系中的遗传规律.结果表明,RCAN1基因在莱芜猪群体中存在拷贝数的缺失、重复现象,其拷贝数变异的遗传规律符合孟德尔遗传方式.

英文摘要:

Copy number variation (CNV),referring to a genome structure variation,has attracted researchers' great interests.Thirty-two CNV regions (CNV region,CNVR) have been detected on chromosome 13 in our previous work.In order to detect the genes located in these CNVRs,we first obtained the annotated information from Ensembl database,and searched gene functional enrichments using DAVID online tools.In the 32 CNVRs,a total of 236 genes were identified,in which 169 genes were annotated.Gene Ontology (GO) analysis revealed that these genes mainly participate in proteolysis,cell adhesion,and macromolecular catabolic process.To study the genetic law of these CNVs,we chose the RCAN1 (regulators ofcalcineurin 1) gene as the candidate.We quantified the copy number ofRCAN1 gene in 38 Laiwu pigs by using QPCR method,and analyzed the genetic laws in three Laiwu families including 15 pigs.QPCR results showed that both duplication and deletion occurred in RCAN1 gene among Laiwu pigs and the heredity mode corresponds with Mendelian genetic law.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
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  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
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  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23270