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人重组S100A8蛋白适配体的筛选和结构分析
  • ISSN号:1671-167X
  • 期刊名称:北京大学学报(医学版)
  • 时间:0
  • 页码:11-16
  • 分类:R349.8[医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]北京大学口腔医学院·口腔医院牙周科,北京100081
  • 相关基金:国家自然科学基金(30271411,30973319)资助
  • 相关项目:S100A8基因多态性对牙周炎患者钙结合蛋白的表达和功能的影响
中文摘要:

目的:筛选人重组S100A8蛋白特异性的适配体。方法:采用配体指数级富集系统进化(systematic evolu-tion of ligand by exponential enrichment,SELEX)技术,以人重组S100A8蛋白为靶蛋白,以微孔板为筛选介质,从体外合成的随机单链DNA文库中筛选其适配体。利用生物素-链霉亲和素-辣根过氧化物酶系统检测每轮单链DNA文库与靶蛋白的亲和力直至亲和力的上升趋于饱和,将最后一轮筛选产物克隆测序,并进行生物信息学分析。结果:经过11轮筛选,单链DNA文库与人重组S100A8蛋白的亲和力趋向稳定,将第11轮筛选产物克隆测序,对获得的30个适配体进行分析。一级结构分析显示30个适配体并无共同的保守序列,但有3对适配体序列完全一致。二级结构预测分析表明,茎环和口袋结构为主要的结构形式,提示其可能是适配体与人重组S100A8蛋白特异性结合的基础。根据茎环和口袋的相对比例可将30个适配体分为4组,其中第1组中35号适配体与人重组S100A8蛋白亲和力最高。结论:获得了与人重组S100A8蛋白特异性结合的适配体群,为后续适配体的应用研究以及S100A8蛋白功能的研究奠定了基础。

英文摘要:

Objective: To obtain and characterize the single-stranded DNA(ssDNA) aptamers of human recombinant S100A8 protein.Methods: According to systematic evolution of ligands by exponential enrichment(SELEX) method,an ssDNA random library was subjected to 11 rounds of selection against human recombinant S100A8 protein.Using a biotin-strepavidin-HRP detecting system,the binding capacity of ssDNA to targeted protein from each round was monitored,until the binding level reached a saturation state.Then the ssDNA from the last cycle were cloned and sequenced,and the sequences were further analyzed by programs of bioinformatics.Results: After 11 cycles of selection,30 clones were selected randomly and sent to sequence analysis.A unique conserved sequence was not obtained among the 30 aptamers by the primary structure analysis,but three aptamers were found identical with three other aptamers respectively.The secondary structure analysis revealed that stem-loop and pocket were the main motifs,indicating that they may play a key role in the binding of aptamers to human recombinant S100A8 protein.According to the ratio of stem-loop to pocket,30 aptamers were divided into 4 groups,and the affinity of aptamer No.35 from group Ⅰ was the highest.Conclusion: Aptamers against human recombinant S100A8 protein were identified by SELEX method,which laid the basis for the further application of the aptamers and the function study of human recombinant S100A8 protein.

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期刊信息
  • 《北京大学学报:医学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:北京大学
  • 主编:韩启德
  • 地址:北京海淀区学院路38号
  • 邮编:100191
  • 邮箱:
  • 电话:010-82801551
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-167X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4691/R
  • 邮发代号:2-489
  • 获奖情况:
  • 1992年全国优秀科技期刊评比三等奖,1996年第二届全国优秀科技期刊评比二等奖,2001年入选中国期刊方阵,被评为“双百”期刊,2007年获得第六届百种中国杰出学术期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:16532