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基于单体型重构的传递不平衡检验
  • ISSN号:0529-6579
  • 期刊名称:《中山大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q-332[生物学]
  • 作者机构:[1]中山大学医学统计与流行病学系,广东广州510080, [2]加州大学旧金山分校放射系,美国加州CA94107-1771, [3]中山大学数学系,广东广州510275
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30170523);致谢:本文样本数据由中山大学遗传教研室王一鸣教授提供,特此感谢.
中文摘要:

传递不平衡检验是基于家系检测疾病位点与标记位点之间连锁与连锁不平衡的经典分析方法。论文针对紧密连锁位点,提出了单体型的传递不平衡检验方法,并把此方法用于分析IgA肾病的两紧密连锁位点的基因定位数据。首先在估计核心家系的单体型频率的基础上,重构单体型的传递/未传递的交叉分类表格,然后通过检验此表格的对称性与边缘齐性进行传递不平衡检验,同时,自编Excel宏命令VBA程序,用于家系数据单体型频率估计与重构。此方法充分利用所有家系信息,并能处理缺失数据。C2093T-C2081T的单体型多态性与IgA肾病关联。此方法推广了已有单体型传递不平衡检验。

英文摘要:

 Transmission disequilibrium test(TDT) is a classical family-based test to detect linkage and linkage disequilibrium.Haplotype transmission disequilibrium test is proposed for tightly linked loci.The method is applied to the gene mapping data for Immunoglobulin A(IgA) nephropathy.Based on haplotype frequency estimation with nuclear family data,the transmission/non-transmission cross-table in TDT is reconstructed.And then symmetry test and homogeneity test for the reconstructed contingency table are given to detect haplotype transmission disequilibrium.In addition,Excel macro VBA program is developed to estimate haplotype frequencies and reconstruct transmission/non-transmission haplotypes.The proposed method available information from all families,including families with missing value.The haplotype polymorphism of C2093T-C2081T is associate with IgA.The method generalizes the existed haplotype transmission disequilibrium test.

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期刊信息
  • 《中山大学学报:自然科学版》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:中山大学
  • 主编:王建华
  • 地址:广州市新港西路135号
  • 邮编:510275
  • 邮箱:xuebaozr@mail.sysn.edu.cn
  • 电话:020-84111990
  • 国际标准刊号:ISSN:0529-6579
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1241/N
  • 邮发代号:46-15
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高等学校自然科学学报及教育部优秀科技期...,广东省优秀科学技术期刊一等奖,《中文核心期刊要目总览》综合性科技类核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18509