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中国汉族高原肺水肿易感基因的全基因组关联研究
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:遗传
  • 时间:2013.11.20
  • 页码:1291-1299
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]青海大学医学院高原医学研究中心,西宁810001
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(编号:31160232),国家重点基础研究发展规划项目(编号:2012CB518200),国家国际科技合作与交流项目(编号:2011DFA32720)~青海省自然科学基金青年项目(编号:2011-Z-919Q)资助
  • 相关项目:EPAS1基因多态性与高原肺水肿相关性研究
中文摘要:

高原肺水肿(High.altitude pulmonary edema,HAPE)是一种特发于高原低氧环境的肺水肿,是遗传和环境因素共同作用的结果。为了寻找与中国汉族高原肺水肿相关的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism.SNP)位点及易感基因,文章利用Affymetrix SNPArray6.0芯片,对2010年5月至2012年7月在青海省玉树地区执行援建任务时来自平原地区的40例HAPE患者和33例健康对照进行全基因组SNP分型,通过PLINK软件对芯片结果进行全基因组关联分析(Genome—wide association study,GWAS),筛选出在病例组和对照组中间有显著差异妒〈IOE.7)的SNP位点57个,通过对57个SNP位点附近74个基因进行GO与Pathway富集分析,发现这些基因与“前列腺素代谢”、“四烯酸代谢”、“氮代谢”显著相关(adjustP〈O.05),以上代谢过程与HAPE病理生理机制相关。结果表明,高原肺水肿受遗传多态性影响,与多个基因以及位点相关。

英文摘要:

High-altitude pulmonary edema (HAPE) is a non-cardiogenic pulmonary edema that is always found among unacclimatized persons after rapid ascent to high altitude, and HAPE is caused by the interaction of genetic and environ- mental factors. To screen and analyze the susceptibility genes and single nucleotide polymorphisms (SNPs) of H.APE in Han Chinese, the DNA samples of 40 patients with HAPE and 33 healthy controls, who performed the reconstruction tasks from the plain region in Yushu area of Qinghai province during May of 2010 to July of 2012, were scanned by Affymetrix SNP Array 6.0 Chips in this study. Genome-wide association study (GWAS, by PLINK software) was used to screen the susceptibility genes and genetic markers, and a total of 57 SNPs were found to be significantly different between case and control groups (adjust P 〈 0.05). GO and Pathway enrichment analysis of 74 genes around the 57 SNPs indicated that these genes were significantly correlated with prostanoid metabolic process, arachidonic acid metabolism and nitrogen metabo-lism (adjust P 〈 0.05), which were involved in the physiopathologic mechanism of HAPE. Our studies suggest that these genetic polymorphisms and genes were associated with HAPE.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
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  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23270