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最优特征子集预测蛋白质与蛋白质的相互作用
  • ISSN号:1004-1656
  • 期刊名称:化学研究与应用
  • 时间:2014.9
  • 页码:1483-1486
  • 分类:O604[理学—化学]
  • 作者机构:[1] 广东药学院医药化工学院,广东 中山528458, [2] 中山大学化学与化学工程学院,广东 广州510275
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(81171666;21205019)资助;广东省自然科学基金项目(S2013010012135;10151027501000070)资助;国家教育部博士点基金项目(20110171110014)资助.
  • 相关项目:帕金森疾病相关蛋白质相互作用网络研究
作者: 李占潮|
中文摘要:

蛋白质与蛋白质相互作用的识别有助于研究蛋白质功能和发现潜在的药物靶标。本研究采用氨基酸组成、二肽组成、三联子组成、组成、转变、分布和自相关特征对蛋白质与蛋白质相互作用对进行表征。基于最小冗余最大相关方法选择最优特征子集,结合支持向量机对酵母蛋白质与蛋白质相互作用进行了预测研究。通过采用最优特征子集,训练集和测试集的预测精度分别比二肽组成的提高了4%和2%,表明了当前方法的有效性。

英文摘要:

Identification of protein-protein interactions can provide useful information to elucidate protein functions and discover drug target. In this study,amino acid composition,dipeptide composition,conjoint triad,composition,transition,distribution and nor-malized Moreau-Broto autocorrelation features are used to characterize protein-protein interactions. Minimum redundancy maximum relevance is employed to select the optimized feature subset,and support vector machine is adopted to construct model and predict protein-protein interactions of saccharomyces. Based on the optimized subset,accuracies of training set and test set are about 5%and 2%higher than those of dipeptide composition,showing the effectiveness of the current method.

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期刊信息
  • 《化学研究与应用》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:四川省科学技术协会
  • 主办单位:四川省化学化工学会 四川大学
  • 主编:胡常伟
  • 地址:成都市武候区望江路29号四川大学化学学院内
  • 邮编:610064
  • 邮箱:chemra@scu.edu.cn
  • 电话:028-85418495
  • 国际标准刊号:ISSN:1004-1656
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1378/O6
  • 邮发代号:62-180
  • 获奖情况:
  • 化学类中文核心期刊,美国化学文摘(CA)收录期刊,中国科学引文数据库来源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:16918