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hsa-miR-17-92 cluster及其同源体靶基因的生物信息学分析
  • ISSN号:2095-428X
  • 期刊名称:《中华实用儿科临床杂志》
  • 时间:0
  • 分类:R318.04[医药卫生—生物医学工程;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]南京医科大学附属南京妇幼保健院儿童保健科、南京医科大学儿科研究所,210004, [2]解放军第八十二医院检验科
  • 相关基金:国家自然科学基金(81100618,81170797);江苏省医学创新团队项目(LJ201108);江苏省自然科学基金(BK2011107);南京市科技发展计划(201104013);江苏省研究生培养创新工程(CXLX120559)
中文摘要:

目的对hsa-miR-17-92duster及其同源体进行系统的生物信息学分析,预测其可能参与的生物学过程,为深入研究其在脂肪细胞分化、肥胖发生等过程中的功能与机制奠定基础。方法1.应用PubMed、Google等信息搜索工具查找hsa-miR-17-92cluster及其同源体的所有研究,综述已有研究进展;2.应用miRBase获取hsa-miR-17-92cluster及其同源体的各成员序列,并分析其序列特征及保守性;3.应用美国国家生物技术信息中心(NCBI)blast、NCBImapviewer、基因组生物信息学(UCSC)Browser工具分析hsa-miR-17-92 cluster及其同源体所在基因组的序列特征;4.应用TargetScan5.1,PicTar及miRanda预测hsa-miR-17-92cluster及其同源体靶基因,取三者预测结果的交集,进一步进行功能注释和Pathway富集分析。结果1.现有研究提示hsa-miR-17-92 cluster及其同源体在脂肪细胞分化、肿瘤疾病、心脏及肺发育、免疫系统与血管形成等生物学过程中有重要作用;2.hsa-miR-17-92 cluster及其同源体进化上高度保守,根据种子序列同源性可分为4类,且在多物种问非常保守;3.hsa.miR-17-92 cluster及其同源体预测靶基因的功能与细胞周期、细胞黏附、Wnt、TGF-β信号、p53、丝裂原活化蛋白激酶等信号通路有较大的相关性,可能参与了前列腺癌、胰腺癌、结肠癌等多种疾病通路。结论通过对hsa-miR-17-92 cluster及其同源体系统的生物信息学分析,初步阐明了hsa-miR一17-92 cluster及其同源体的基本生物学特征,并为hsa-miR-17-92 cluster后续研究提供了功能与机制的线索。

英文摘要:

Objective To analyze the prediction of target genes of hsa-miR-17-92 clusters and the paralogs, so as to lay foundation and provide theoretical basis for the further studies of hsa-miR-17-92 cluster biological function in human preadipocytes and obesity development. Methods 1. All literatures concerning miR-17-92 clusters were searched in PubMed and Google;2. miRBase database was used to retrieve the sequence of hsa-miR-17-92 clusters according to the "seed sequence" to classify the member;3. National Center for Biotechnology Information(NCBI) blast, NCBI mapviewer and UCSC Genome Browser were used to analyze the characteristics of hsa-miR-17-92 clusters and the paralogs ;4. TargetScan5.1 ,PicTar and miRanda were used to predict target genes of hsa-miR-17-92 clusters, and the intersection of the 3 results as gene set was analyzed by Gene Ontologe( GO ) analysis and Pathway analysis. Results 1. hsa-miR-17-92 clusters and the paralogs had been reported in adipocyte differentiation, cancer, heart and lung development, the immune system and angiogenesis, and involved in other biological process as well;2, hsa-miR-17-92 cluster members were highly conservative and divided into 4 categories ;3. the target genes set mostly existed in cell cycle, cell adhesion,Wnt signaling pathway,TGF-β signaling pathway, p53, mitogen-activated protein kinase(MAPK) and other signaling pathway and prostate cancer,pancreatic cancer and colon cancer and other diseases pathway. Conclusions The target genes set of hsa-miR-17-92 cluster enrich in multiple biological process for laying the foundation for the further study in human preadipocytes.

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期刊信息
  • 《中华实用儿科临床杂志》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中华医学会
  • 主编:郭学鹏
  • 地址:河南省新乡市金穗大道东段新乡医学院
  • 邮编:453003
  • 邮箱:syqk@xxmc.edu.cn
  • 电话:0373-3029144 3831456
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-428X
  • 国内统一刊号:ISSN:10-1070/R
  • 邮发代号:36-102
  • 获奖情况:
  • 中国科技论文统计源期刊,临床医学类核心期刊,河南省优秀科技期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 波兰哥白尼索引,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:5061