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12个物种miR-302基因簇的生物信息学分析
  • ISSN号:1674-568X
  • 期刊名称:基因组学与应用生物学
  • 时间:0
  • 页码:379-384
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]南昌大学生命科学与食品工程学院,南昌330031, [2]同济大学医学院,上海200092
  • 相关基金:国家自然科学基金(30971473;31071138)资助
  • 相关项目:FMRP通过microRNA介导调控成体神经干细胞增殖和分化的研究
中文摘要:

很多microRNA(miRNA)基因在基因组上聚集排列形成miRNA基因簇。miRNA基因簇在进化上较为保守,有其特殊的生物学意义。miR-302基因簇在胚胎干细胞中特异表达,对胚胎干细胞的自我更新和多潜能维持有重要的作用。本文采用miRBase数据库查询和BLAST同源搜索方法共搜寻并分析了12个物种的miR-302基因簇。生物信息学分析表明,这些物种miR-302基因簇均位于LARP7蛋白基因的内含子区,但转录方向与LARP7基因转录方向相反。序列相似性分析显示,同一物种miR-302簇成员间以及不同物种相应miR-302簇成员间相似性均较高。进化分析表明,基因复制可能是miR-302基因簇进化的主要驱动力。

英文摘要:

There are many miRNA genes clustered in genome.miRNA gene cluster is highly conserved in evolution,with its special biological significance.miR-302 gene cluster,an embryonic stem cell-specific miRNA cluster,plays an important role in maintenance of stem cells self-renewal and pluripotency.In this paper,we analyzed the molecular evolution of miR-302 gene cluster from 12 different species.Bioinformatics analysis showed all of miR-302 gene clusters in these species were located in introns of LARP7 genes,but transcripted in opposite direction.Sequence identity analysis suggested the high identity of the different members of the miR-302 gene cluster of the same specie and the corresponding members of the miR-302 gene clusters among different species.The phylogenetic analysis revealed that the miR-302 gene cluster originated from gene duplications.

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期刊信息
  • 《基因组学与应用生物学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:广西大学
  • 主办单位:广西大学
  • 主编:朱玉贤
  • 地址:广西南宁市大学东路100号广西大学西校园《基因组学与应用生物学》编辑部111室
  • 邮编:530004
  • 邮箱:gab@hibio.org 571388455@qq.com
  • 电话:0771-3239102
  • 国际标准刊号:ISSN:1674-568X
  • 国内统一刊号:ISSN:45-1369/Q
  • 邮发代号:48-213
  • 获奖情况:
  • 全国优秀高校学校自然科学学报,教育部优秀科技期刊,广西优秀科技期刊,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,英国动物学记录,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:4299