以2003-2011年间我国30个省市高校科研的投入产出数据为基础,采用DEA-Malmquist指数分析法测算了我国30个省市高校科研创新效率,结果表明:我国高校科技创新效率处于效率前沿面上,平均增长为9.7%,技术进步对高校科研创新效率的提高起到了推动作用;东部地区高校科研创新全要素生产率平均增长17.2%,超过了中部地区的7%和西部地区的6%,规模效率是造成东中西部高校科研效率差异的主要原因。为了有效的提高我国各省市的科研创新效率,以技术进步、纯技术效率、规模效率为标准对我国30个省市进行了聚类分析,并根据不同类别的省市高校科研创新效率的优劣势,提出针对性的建议和对策。