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海南岛巴西橡胶和香蕉cat相关基因的克隆及分析
  • ISSN号:1673-5102
  • 期刊名称:植物研究
  • 时间:2012.1.1
  • 页码:47-53
  • 分类:S668.1[农业科学—果树学;农业科学—园艺学] S794.1[农业科学—林木遗传育种;农业科学—林学]
  • 作者机构:[1]海南大学环境与植物保护学院,海口570228, [2]中国热带农业科学院热带生物技术研究所,农业部热带作物生物技术重点开放实验室,海口571101
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31070131); 海南大学“211工程大学建设”专项资金
  • 相关项目:香蕉束顶病毒DNA2编码基因特征及其分子调控机制研究
中文摘要:

根据GenBank上已有的植物cat基因序列,设计一对兼并引物。在海南岛采集香蕉、巴西橡胶、黄灯笼辣椒、菠萝、甘蔗、番木瓜等作物的叶片并提取总RNA,反转录成cDNA,PCR进行同源克隆。结果获得了巴西橡胶cat-1和香蕉的cat-2基因,而未获得其它4种作物cat相关基因。序列分析发现,巴西橡胶cat-1和香蕉的cat-2基因开放阅读框(ORF)都为1 479 bp,编码492个氨基酸,GenBank登陆号分别为HQ660587和HQ660588。生物信息学软件分析巴西橡胶CAT-1和香蕉CAT-2蛋白的三级结构分别与Exiguobacteriu Oxidotolerans(PDB code:2j2mA0)和Pseudomonas Syringae(PDB code:1m7sA)相似。构建系统发育树表明巴西橡胶CAT-1与蓖麻CAT-1氨基酸序列(Ricinus communis:XP_002521709.1)同源性最高,为92.1%;香蕉CAT-2与油棕CAT-2氨基酸序列(Elaeisguineensis:ACF06566.1)同源性最高,达90.9%。

英文摘要:

According to the existence of plant cat genes in GenBank,we designed a pair of degenerate primers,and amplified cat genes of banana,Hevea brasiliensis,yellow lantern pepper,pineapple,sugar cane,papaya from Hainan island.Ultimately,we cloned the rubber cat-1 and banana cat-2 genes,while the others not.Sequence analysis showed that open reading frame(ORF) of rubber cat-1 and banana cat-2 genes were both 1479bp,and encoded 492 amino acids.GenBank accession number were HQ660587 and HQ660588.Using bioinformatics software,the tertiary structures of rubber's CAT-1 and banana's CAT-2 proteins were predicated,which were similar to Exiguobacteriu Oxidotolerans(PDB code:2j2mA0) and Pseudomonas Syringae(PDB code:1m7sA),respectively.Phylogenetic analysis indicated that Hainan H.brasiliensis CAT-1 possessed the highest homology with Ricinus communis CAT-1(XP_002521709.1),while banana CAT-2 was the highest homology with Elaeis guineensis CAT-2(ACF06566.1).

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期刊信息
  • 《植物研究》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国教育部
  • 主办单位:东北林业大学
  • 主编:付玉洁
  • 地址:哈尔滨市和兴路26号东北林业大学
  • 邮编:150040
  • 邮箱:duanxihua828@163.com
  • 电话:0451-82190611
  • 国际标准刊号:ISSN:1673-5102
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1480/S
  • 邮发代号:14-77
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:13014