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利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道细菌菌群
  • ISSN号:0257-4799
  • 期刊名称:《蚕业科学》
  • 分类:S888.729[农业科学—特种经济动物饲养;农业科学—畜牧兽医] Q939.121[生物学—微生物学]
  • 作者机构:[1]河北农业大学,河北保定071000, [2]河北省林木种质资源与森林保护重点实验室,河北保定071000
  • 相关基金:河北省教育厅科研项目(No.2009129),河北省强势特色学科资助项目(No.2008013).
中文摘要:

利用PCR-DGGE技术分析桑天牛成虫肠道菌群结构及优势菌群,获取桑天牛肠道微生物的多样性信息。从桑天牛成虫肠道中提取细菌基因组DNA,以细菌16S rDNA基因通用引物27F/1495R和27F/519r+GC进行V3可变区PCR扩增,将长约500 bp的扩增产物经变性梯度凝胶电泳(DGGE)分离后,进行优势条带分析、DNA回收、克隆、测序等,初步得到分别属于肠杆菌属(Enterobacter)、不动杆菌属(Acinetobacter)、埃希氏菌属(Escherichia)、志贺菌属(Citrobacter)、克雷伯氏菌属(Klebsiella)、柠檬酸菌属(Shigella)、泛菌属(Pantoea)和沙雷氏菌属(Serratia)的8个细菌菌株,其中优势细菌为克雷伯氏菌属的细菌菌株,其次是沙雷氏菌属的细菌菌株。将获取的细菌16S rDNA序列在GenBank数据库中进行BLAST比对分析,相似度在97%以上的有6个菌株,其中有5个菌株与传统方法分离菌株的鉴定结果一致,表明基于16S rDNA的PCR-DGGE技术可用于桑天牛肠道菌群多样性研究。

英文摘要:

In order to acquire biodiversity information of intestinal microorganisms in Apriona germari adult,PCR-DGGE technology was employed to analyze the composition of microorganism populations and dominant bacteria in intestine of A.germari adult.After genomic DNA extraction from bacteria in intestine of A.germari adult,we amplified 16S rDNA V3 variable region by PCR with 27F/1495R and 27F/519r+GC universal primers and obtained an amplified product of around 500 bp,which was further isolated by denaturing gradient gel electrophoresis(DGGE).After dominant band analysis,DNA recovery,cloning and sequencing,8 bacterial strains were obtained.They belonged to Enterobacter,Acinetobacter,Escherichia,Citrobacter,Klebsiella,Shigella,Pantoea,Serratia respectively,among which the bacterial strain belonged to Klebsiella was the dominant strain,followed by the bacterial strain belonged to Serratia.Blast search with the obtained bacterial 16S rDNA sequences in GenBank database showed that there were 6 bacterial strains showing similarity over 97%,among which 5 bacterial strains were consistent with the classification by traditional methods.These results showed that PCR-DGGE technology based on 16S rDNA can be used to study biodiversity of intestinal microorganisms in A.germari.

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期刊信息
  • 《蚕业科学》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国蚕学会 中国农业科学院蚕业研究所
  • 主编:郭锡杰
  • 地址:江苏省镇江市四摆渡中国农业科学院蚕业研究所
  • 邮编:212018
  • 邮箱:CYKE@chinajournal.net.cn
  • 电话:0511-85616835
  • 国际标准刊号:ISSN:0257-4799
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1115/S
  • 邮发代号:28-23
  • 获奖情况:
  • 中国科协优秀科技期刊,全国农业学会优秀期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:7742