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结直肠癌组织定量RT-PCR分析中内参基因的选择
  • ISSN号:1007-4368
  • 期刊名称:《南京医科大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q344.13[生物学—遗传学] R735.3[医药卫生—肿瘤;医药卫生—临床医学]
  • 作者机构:[1]南京医科大学职业医学与环境卫生学系,江苏南京211166, [2]南京医科大学第一附属医院肿瘤内科,江苏南京210029
  • 相关基金:国家自然科学基金资助(81373091); 江苏省高校优势学科建设资助(公共卫生与预防医学)
中文摘要:

目的:筛选适用于结直肠癌组织样本的内源性参照基因。方法:以10例结直肠癌患者组织总RNA为研究材料,采用实时定量RT-PCR检测GAPDH、ACTINB、UBC、HRPT1和18S r RNA这5个候选内参基因的表达量,应用ge Norm和Norm Finder两种软件分析选择最佳内参基因。结果:ge Norm软件发现GAPDH与ACTINB的M值相对最小,为最佳内参基因组合,18S r RNA的M值最大,稳定度最低;而Norm Finder软件分析认为GAPDH表达稳定性最佳,UBC次之。结论:适用于结直肠癌组织样本RT-PCR实验的内参基因为GAPDH,最佳组合为GAPDH与ACTINB,而18S r RNA及HRPT1不是合适的内参基因。

英文摘要:

Objective:To select the optimal internal reference genes for gene expression analysis in colorectal tumor tissues.Methods:The total RNA of colorectal cancer tissues from 10 patients weve studied. The m RNA transcription profiles of five frequently used housekeeping genes,including GAPDH,ACTINB,UBC,HRPT1,and 18 S r RNA,were tested by real-time quantitative RT-PCR.The stability of these control genes was analyzed by ge Norm and Norm Finder softwares. Results:The M value of GAPDH and ACTINB was the least and identified as the suitable and stable internal reference gene combinations using ge Norm software. The M volue of18 S r RNA was the highest and its stability was the lowest. Furthermore,GAPDH was the most stable reference gene,which was followed by UBC using Norm Finder software. Conclusion:The combination of GAPDH and ACTINB,but not 18 S r RNA and HRPT1,is the most reliable reference gene group for normalization of real-time RT-PCR in colorectal tumor tissues.

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期刊信息
  • 《南京医科大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:
  • 主办单位:南京医科大学
  • 主编:沈洪兵
  • 地址:南京市龙眠大道101号
  • 邮编:211166
  • 邮箱:nyxb@njmu.edu.cn
  • 电话:025-86869293 86869297
  • 国际标准刊号:ISSN:1007-4368
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1442/R
  • 邮发代号:28-61
  • 获奖情况:
  • 中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18896