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滇金丝猴线粒体D-loop片段SNPs位点的鉴别及初步分析
  • ISSN号:1000-1050
  • 期刊名称:《兽类学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q75[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]安徽宿州学院生命科学系,宿州234000, [2]中国科学院动物研究所,动物生态与保护遗传学重点实验室,北京100101
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30630016 30770318)
中文摘要:

本文利用已测序的157个滇金丝猴控制区(D-loop)片段,通过与参考序列比对,鉴别了线粒体D-loop片段中的52个SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)位点,定义了30种滇金丝猴单倍型,排除概率为0.938。谱系及种群遗传结构分析结果与以前利用D-loop片段的研究结果相似。同时表明基于粪便样品进行保护遗传学、谱系生物地理学、种群遗传学等研究时,与线粒体标记和微卫星标记相比,SNP标记可能具有一定的优越性,并建议进一步分析滇金丝猴线粒体D-loop全序列甚至线粒体全基因组上的SNPs位点的信息,以促进滇金丝猴保护遗传学等研究的开展。

英文摘要:

Based on alignment of mtDNA D-Loop 401 bp of Rhinopithecus bieti and comparison with a standard sequence,30 haplotypes and 52 single nucleotide polymorphisms(SNPs) were identified among 157 individuals,and the probability of exclusion was found to be 0.938.The phylogeographic patterns and population genetic structure based on SNP analysis were similar to those using mtDNA D-Loop sequence analysis.The results also indicated that SNP marker might be superior to mtDNA and microsatellite markers when studies on conservation genetics,phylogeography and population genetics are conducted using fecal samples.Thus,we suggest that more powerful SNPs should be further identified from complete Dloop or whole mitochondrial genome of R.bieti in the future.

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期刊信息
  • 《兽类学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科协 中国科学院
  • 主办单位:中国科学院西北高原生物研究所 中国动物学会兽类学分会
  • 主编:王德华
  • 地址:青海西宁市新宁路23号
  • 邮编:810001
  • 邮箱:slxb@mail.nwipb.ac.cn
  • 电话:0971-6143617
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1050
  • 国内统一刊号:ISSN:63-1014/Q
  • 邮发代号:56-11
  • 获奖情况:
  • 国家“双效”期刊,1995年获青海省优秀期刊一等奖,1992年获中国科学院优秀期刊三等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰地学数据库,荷兰文摘与引文数据库,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:5163