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基于松材线虫全基因组序列的SSR标记开发
  • ISSN号:1000-2006
  • 期刊名称:《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学] S763.16[农业科学—森林保护学;农业科学—林学]
  • 作者机构:[1]南京林业大学森林资源与环境学院、江苏省有害生物入侵预防与控制重点实验室,江苏 南京 210037
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31270683);江苏省高校自然科学研究重大项目(11KJA22002);江苏高校优势学科建设工程资助项目(PAPD);江苏省普通高校研究生科研创新计划项目
中文摘要:

为了研究松材线虫在我国的群体遗传关系及传播路径,获得更为稳定的松材线虫分子标记,使用MISA软件对松材线虫全基因组10432条DNA片段进行搜索,共获得95个gSSR位点。其中,二核苷酸重复出现频率最高,占全部SSR位点的66?3%。依据所有gSSR位点共设计出36对引物,以1份松材线虫DNA pooling(包含我国46个不同地理来源的松材线虫虫株DNA)为模板进行PCR,产物由QIAxcel全自动凝胶电泳分析系统检测,获得17对可能具有多态性的gSSR引物。进一步对这17对引物的PCR产物进行单克隆试验并测序,BioEdit软件拼接比对结果表明,其中9对确实具有多态性。

英文摘要:

To develop more stable molecular marker, SSR marker base on pine wood nematode ( Bursaphelenchus xylo-philus) whole genome sequences was discussed for researching the relationship of population genetic and travel route ac-curately. Ninety-five SSR loci were searched from a total of 10 432 DNA fragments of B. xylophilus by MISA. In the gSSRs, the dinucleotide repeat motifs were the most abundant (66.3%). Thirty-six pairs of primers were designed, and verified with one peace of B.xylophilus DNA pooling sample (46 DNA samples of isolates from different geographic origin contained) for PCR. The products detected by QIAxcellautomatic gel electrophoresis analysis system showed that 17 pairs of primers had potential polymorphism. Further, nine pairs of the primers showed polymorphism, which tested by mono-clonal sequencing and spliced by BioEdit, and which provided foundation for studying population genetic of B.xylophilus.

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期刊信息
  • 《南京林业大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:南京林业大学
  • 主编:曹福亮
  • 地址:南京市龙蟠路159号南京林业大学学报编辑部
  • 邮编:210037
  • 邮箱:xuebao@njfu.edu.cn
  • 电话:025-85428247 85427076
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-2006
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1161/S
  • 邮发代号:28-16
  • 获奖情况:
  • 全国高校优秀学术期刊一等奖、江苏省自然科学学报...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,英国科学文摘数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:21690