本项目计划利用CAPS分子标记技术和项目申请者已有的SSR分子标记遗传图谱,将涉及家蚕性别调控、发育、生长和变态等相关功能基因进行染色体定位。每条染色体上至少定位1-3个已知基因,为进一步的定位克隆做准备。目前,我国和日本的科学家相继宣布完成了家蚕基因组草图的测序工作。随之而来的是开展以增加遗传图谱密度、基因定位克隆、基因组精细图谱构建为主要内容的研究。据统计目前已经克隆的家蚕全长基因约295个,
本项目计划利用CAPS和SSR分子标记遗传图谱,将涉及家蚕性别调控、发育、生长和变态等相关功能基因进行染色体定位。每条染色体上至少定位1-3个已知基因。本项目的开展,除了已经定位在不同连锁群上的27个已知基因外,又对功能比较重要的核糖体蛋白(RP)基因进行了研究,并将14个RP基因定位在12条染色体上。此外,我们还成功地将3个不同作图群体进行了整合,使分子标记数量达到692个。根据现有的基因组序列信息,在已经定位的SSR标记周围,开发新的SSR标记,最终出现在整合图谱中的SSR标记数达1177个。随着项目的进行,家蚕基因组领域的研究进展迅猛,由中国和日本科学家合作的家蚕基因组精细物理图谱已经完成,为此,我们及时调整了研究方法。利用已经发表的SSR标记遗传连锁图谱、SAGE基因表达谱和已经公布的家蚕基因组数据库,通过高通量比对,在定位的19.1M的家蚕基因组中,发现了2765个转录位点,1586个可能的家蚕基因。通过同源比对,我们发现288个基因可以确定功能,481个基因虽未确认功能,但可以比对到家蚕EST序列。通过方法的改进,远远超过了原计划中每条染色体定位1-3个基因的目标。