中文摘要：

藏酋猴，中国特有灵长类，为国家二级保护动物，基于形态学证据被划分为4个亚种。目前对全国范围内的中国藏酋猴种群遗传结构及系统地理分化方面的研究尚未见报道，较多的是集中于其行为生态学方面的研究。本项目将大规模收集覆盖中国藏酋猴主要分布范围的样本，以位于核外的线粒体DNA控制区片段和核内基因组中的微卫星DNA作为分子遗传标记，同时从核内外两种DNA水平对中国藏酋猴的遗传多样性、种群遗传结构、遗传变异、基因流、种群分化等内容进行全面系统性的分析和评价，摸清其遗传背景，对于我国藏酋猴资源有效物种保护策略的制定和人工圈养藏酋猴近交衰退的避免具有重要的实际意义；另外，本研究还拟通过分子系统地理学的研究方法，从分子遗传学角度结合古地质古气候探讨中国藏酋猴种群遗传多样性分布格局形成的历史过程和原因，对于了解我国灵长类动物种群的起源、演化过程具有重要的学术意义。

结论摘要：

藏酋猴（Macaca thibetana），我国特有灵长类，为国家二级保护动物。目前对于全国范围内的中国藏酋猴种群遗传结构及系统地理分化方面的研究尚未见报道，较多的是集中于其行为生态学方面的研究。本项目大规模地收集了覆盖中国藏酋猴主要分布范围的样本，以位于核外的线粒体DNA控制区片段和核内基因组中的MHCⅡ类基因（DQB1、DPB1）作为分子遗传标记，同时从核内外两种DNA水平开展中国藏酋猴的种群遗传及谱系地理学研究，主要取得了以下结果1) 我们已在覆盖中国藏酋猴主要分布范围的地方收集了约300个藏酋猴样品（主要为粪便样品），其中大多数样品已进行了总DNA的提取，所有样品均保存于-80℃冰箱中可长期备用。2) 我们已测定了来自150个藏酋猴样品的约477 bp长的线粒体DNA控制区序列，定义了38个单倍型。系统发生分析结果表明，中国藏酋猴明显分为东（包括湖南、广西、广东、福建、浙江、安徽）、西（包括四川、甘肃、云南、贵州）部两大支系，节点处的自展值（Bootstrap）达到99%。分子变异方差分析表明各支系对应的地理群体间表现出了显著的遗传分化；这些支系间的分岐年代估计结果与第四纪以来冰期和间冰期的周期性波动及青藏高原的隆升年代相稳合，暗示着古地质古气候的变化对中国藏酋猴的遗传分化具有重要的影响。3）通过PCR扩增和克隆测序，从部分藏酋猴种群中首次鉴定出了23个新的DQB1等位基因和24个新的DPB1等位基因。不同物种来源的DQB1和DPB1等位基因系统发生树表明, 藏酋猴、猕猴和食蟹猴的DQB1和DPB1等位基因均不是以物种特异性方式聚类, 而是种间混聚在一起, 显示出明显的跨物种多态性(Trans-species polymorphism)。选择性检验表明, 平衡选择(Balancing selection)在维持Math-DQB1和Math-DPB1基因的多态性中均起着重要的作用。这些研究结果对于我国藏酋猴资源有效物种保护策略的制定和人工圈养藏酋猴近交衰退的避免具有重要的实际意义。特别是，本研究通过分子系统地理学的研究方法，从分子遗传学角度结合古地质古气候探讨了中国藏酋猴种群现有分布格局的成因和历史过程，对于了解我国灵长类动物种群的起源、演化过程也具有重要的学术意义。已公开发表论文7篇，其中SCI论文3篇，另还有2篇已被SCI源期刊正式接受待发表。