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中文摘要：
建立了一种考虑界面与内部残基间协同性及内聚性的蛋白质结合位点预测方法PAMA，并在此基础上发展了蛋白质-蛋白质集成分子对接方法，用该方法继续参加国际CAPRI复合物结构预测竞赛，获得了好成绩。针对分子对接中打分函数这一挑战性的难题，发展了基于氨基酸网络参量的多项组合打分函数，成功率比RosettaDock打分函数提高了12%，在CAPRI的打分竞赛中获得好成绩。提出了基于蛋白质主链氢键包埋的结合位点预测方法，与基于界面模块化层次的PAMA方法优势互补。建立了基于信息熵的磷酸化位点预测方法，对3个代表性激酶家族的测试表明，敏感性和专一性均好于较新的PPSP和GPS算法的结果。提出了迭代的高斯网络模型和方法用于蛋白质去折叠的研究，发现其能够很好地识别折叠核。建立了氨基酸网络演化模型，通过近邻偏好和能量偏好驱动演化过程，较好的与真实蛋白质折叠过程吻合。通过完成该基金项目，发表国内外核心期刊论文12 篇，其中SCI收录8篇；获得2008和2010年度北京工业大学IBM杯并行计算大赛一等奖和优秀奖，北京工业大学第九届"十佳青年"称号，北京工业大学优秀博士学位论文奖等15个奖项。
结论摘要：
英文主题词protein binding sites prediction;protein folding core prediction; protein phosphorylation sites prediction; molecular docking
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