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蛋白质与其抑制剂作用机制的分子动力学模拟和量子力学分析
  • 项目名称：蛋白质与其抑制剂作用机制的分子动力学模拟和量子力学分析
  • 项目类别：面上项目
  • 批准号：10874104
  • 申请代码：A040304
  • 项目来源：国家自然科学基金
  • 研究期限：2009-01-01-2011-12-31
  • 项目负责人：张庆刚
  • 负责人职称：教授
  • 依托单位：山东师范大学
  • 批准年度：2008
中文摘要：

本研究工作分别运用QM/MM方法、路径积分分子动力学法和MFCC法研究HIV-1蛋白酶与不同配体的复合物中水分子W301所起的作用，计算其量子相互作用能，用MM-PBSA方法研究水分子W301对结合自由能的贡献。本项目还对HIV-1蛋白酶与不同配体的复合物、丙肝病毒蛋白酶与候选药物SCH6进行分子动力学模拟，运用MM-PBSA方法计算抑制剂与蛋白质复合物的绝对结合自由能，通过能量分解的方法考察蛋白质残基与配体之间的相互作用和识别，然后应用MFCC方法对蛋白质体系进行量子力学的研究，求出配体与蛋白质整体和各残基的量子相互作用能，并将量子方法的结果与分子动力学方法研究的结果进行比对，更深入地分析其作用机理，从一个新的侧面理解蛋白质和配体、蛋白质和蛋白质的相互作用。

中文主题词： 分子动力学；MFCC方法；结合自由能；能量分解；量子力学
成果综合统计
成果类型
数量
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利
  • 获奖
  • 著作
  • 31
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期刊论文
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