中文摘要：

鳄目现存23种，隶属3科8属；在分类及系统发生关系上历来争议很大，并集中在马来假食鱼鳄的分类地位及其与食鱼鳄的系统关系、鼍科中属间的亲缘关系、非洲狭吻鳄的分类地位、以及鼍属、食鱼鳄属等分歧时间等问题上。作为动物分子系统发生最有力的证据之一，线粒体基因组全序列是目前唯一能够从基因组水平上来分析动物系统发生的分子标记（Saccone，1999）；ZENK基因是一个可以用于分子系统发生研究的新的核基因分子标记（Chubb, 2004）。本项目将通过测定非洲狭吻鳄、食鱼鳄、马来假食鱼鳄、尼罗鳄、侏古鳄、黑鳄及骨喉鳄等6属7种鳄的线粒体基因组全序列并与已发表的扬子鳄等2属3种鳄的线粒体全序列进行比较，同时测定上述7种鳄及扬子鳄(鼍属)和凯门鳄(凯门鳄属)的ZENK基因序列，并进行分子系统分析，探讨并力争解决现存鳄类属间的分子系统发生关系、分类地位及分歧时间等问题上存在的争议。

结论摘要：

本项目已测出湾鳄序列（DQ273698）、非洲窄吻鳄（EF551000）、骨喉鳄（EF551001）、泰国鳄（DQ353946）和尼罗鳄等5种鳄的线粒体基因组核苷酸全序列，其长度在16.7 kb-17.0kb之间；另2种鳄即将完成测序。鳄类mtDNA基因组成与其它脊椎动物相似，由22个tRNA，2个rRNA和13个蛋白编码基因及一个非编码的控制区所组成，基因排列与其它脊椎动物常见的线粒体基因排列方式有所不同；本项目还测定了C-myc基因、BDNF、NT-3和s-keratin基因的序列。基于线粒体基因和核基因序列构建的鳄类系统发生关系表明，鳄类分为鳄科和鼍科, 鳄科食鱼鳄和假食鱼鳄聚为一支后再与鳄科的其他物种形成姐妹群，非洲窄吻鳄与鳄属构成姐妹群，建议可以单独划分为属；支持鳄类和鸟类聚为一支构成姐妹群，且龟鳖类作为鳄类和鸟类支系的姐妹群，蜥蜴类位于爬行类系统发生树的基部，而不是龟鳖类作为现代爬行类中最基部；对扬子鳄分类地位的研究结果支持在现存的鳄类中扬子鳄与密西西比鳄的亲缘关系较近的结论。