项目以海南坡鹿病理检查的富余外周血为材料,通过利用DNA公共网络数据库中II类MHC基因的共享数据和生物信息方法,设计海南坡鹿II类MHC位点的PCR扩增引物,并利用SSCP和测序技术,分离海南坡鹿的II类MHC位点。继后,利用外周血cDNA进行表达功能鉴别,确定已分离获得的II类MHC位点中的功能位点,以剔除那些不具有表达功能的假基因,从而建立海南坡鹿适应性变异研究的II类MHC分子标记系统。在此基础上,以海南坡鹿的粪便为材料,通过对MHC位点的群体检测和变异性分析,探索海南坡鹿II类MHC基因的适应性变异与种群复壮之间的关系,从而为继后揭示海南坡鹿种群复壮的分子机理,提供前期工作基础。
Hainan Eld's deer;MHC class II gene;locus isolation;adaptive variation;
项目以一只海南坡鹿病理检查的富余外周血液为材料,提取了mRNA和基因组DNA,通过利用GenBank等公共网络数据库和生物信息技术,设计了海南坡鹿II类MHC基因的PCR扩增兼并引物。利用该兼并引物,结合本研究团队已建立的HURRAH技术,本项目组成功分离了海南坡鹿具有表达功能的全部7个经典的II类MHC基因(1个DRA、1个DRB、2个DQA和3个DQB),并建立了MHC位点特异性分型引物,为本项目开展“海南坡鹿适应性变异研究”奠定了基础。随后,项目组利用先期建立的粪便基因组DNA的提取方法,完成了自海南省大田自然保护区、邦溪自然保护区和甘什岭自然保护区采集的400余份野生海南坡鹿粪便样品的高质量基因组DNA的提取工作。这些群体基因组DNA经上述建立的分子标记检测后,发现海南坡鹿具有二态的DRA、三态的DRB、二态的DQA1和单态的DQA2、DQB1、DQB2。种群水平的统计分析表明海南坡鹿的寡态MHC现象是由其近期已知的严重瓶颈造成的,同时揭示虽然其位点的等位基因数量较少,但等位基因的序列多样性较高,呈现明显的正选择进化证据。这些结果表明,海南坡鹿仍有较强的栖息生境适应能力,并由此提示加强海南坡鹿的栖息地就地保护是拯救该濒危物种的主要策略之一。