中国是棉花的生产、消费和纺织大国。我国自育的陆地棉品种纤维长度单一,95%以上适合纺32-40支纱。随着纺纱技术的革新,人民群众对衣着要求的提高,对棉花品质结构提出了更高要求。陆地棉和海岛棉是2个四倍体栽培棉种,分别具有高产、高品质的特性,将两者结合,培育出高产、高品质的棉花新品种一直是棉花的育种目标。本研究通过EST测序筛选出海岛棉开花后-3-30天纤维发育的15000个以上Unigene制作芯片,杂交,揭示海岛棉和陆地棉纤维发育基因表达谱,对海、陆差异表达基因进行SNP分析与染色体定位。利用EST-SSR功能标记为主构建异源四倍体栽培棉种分子遗传图谱,开展全基因组扫描鉴定、标记优质纤维主效QTL;海、陆纤维发育基因种间分化的比较基因组学研究,克隆、标记与海岛棉优质相关的关键基因进行分子设计育种,不仅对揭示棉纤维发育的遗传机理、棉属进化、种间杂种优势利用以及优质新品种培育均有重要意义。