中文摘要：

复杂疾病(含心脑血管病、癌症、神经性疾病)已成为或正成为我国居民主要的非正常死亡原因，有效早期诊断或治疗手段的缺乏给人民幸福生活造成了巨大的消极影响。科研界正逐步认识到分子网络在复杂疾病中可能的重要作用。但是，目前科研人员和医学工作者对分子网络与复杂疾病的对应关系，以及分子网络影响疾病过程的作用机理尚无明确的认识。本研究的核心对象是复杂疾病中分子连接的特征模式。我们将通过数据整合的方法，建立全面高质量的复杂疾病分子相互作用图；并在此基础上开发从分子相互作用图中搜索与复杂疾病相关的特征分子连接模式；通过与功能基因组学数据的关联，研究分子连接模式影响疾病过程的作用机制。该项目产生的整合后的分子相互作用图可望成为复杂疾病研究领域的重要资源，搜索分子连接特征模式的计算方法会对各种生物表型的研究有指导意义，项目产生的分子连接模式对疾病过程作用机制的认识将推动计算方法和医学认识两方面的同时进步。

结论摘要：

复杂分子网络是影响生命过程的重要因素，理解分子网络在复杂疾病（如神经退行性疾病、癌症等）中的作用方式对理解疾病机理及寻找治疗方法具有重要意义。本项目通过数据整合的方法，建立高质量并带可靠性分值的分子相互作用网络，并在此基础上计算复杂疾病的特征分子连接模式。建立了数据整合的有效方法，确立了相互作用可靠性赋值的流程，获得了高质量的具有可靠性分值的分子相互作用图。以神经退行性疾病为重点，分析了相似疾病间的特征连接模式，获得了相似疾病间的共享网络模块/通路。共享网络特征连接模块可为高效搜索药物靶点提供指引，通过神经退行性疾病与其它类疾病（如癌症）共享模块的计算，可通过药物重定位计算挖掘已知药物的新用途。本项目开发的方法、获得的数据和计算结果对复杂网络计算及复杂疾病的药物研发具有积极意义。此方向的继续深入研究可以进一步提高对复杂网络作用机理的认识，为针对复杂疾病的药物研发工作提供有力的计算分析基础。