最新研究表明 ,miRNA靶基因3'UTR内存在着单核苷酸多态性(SNPs)可以影响miRNA对靶基因表达的调控作用,并提示此机制可能与肿瘤的发生发展与转移有关。本课题拟运用生物信息学筛选调控TLRs信号通路候选miRNAs,定制特异性TLRs信号通路相关miRNAs 芯片,利用miRNAs芯片建立OSCC与非OSCC人群的miRNAs表达谱,筛查差异性miRNAs,运用生物信息学技术筛选差异性miRNAs靶基因3′UTRs 内SNPs, HRM技术分型检测SNPs与OSCC之间的易感性,利用分子生物学技术研究差异SNPs对miRNAs表达影响,进一步阐述SNPs与OSCC发生发展之间的分子机制。
Oral squamous cell carcinoma;Bioinformatics;Single nucleotide polymorphism;microRNA;Toll-like receptors pathway
口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma, OSCC)是常见的人类恶性肿瘤之一,其五年生存率只有大约50%。已有多条细胞信号通路被认为与OSCC相关联,其中,Toll样受体通路相关的一系列蛋白已被证实与OSCC的发生发展密切相关。然而到目前为止,Toll样受体通路相关基因其多态性的存在对OSCC易感性的影响仍不明确。关于基因多态性和疾病易感性相关性的研究,目前主要集中在探讨基因编码区的SNPs位点对疾病易感性的影响。对于基因非编码区的SNPs位点与疾病易感性关系的研究仍非常有限,机制至今不明。在本研究中,我们综合运用多种生物信息学方法,来筛选与OSCC相关的Toll样受体通路基因的microRNA靶点区上的单核苷酸多态性位点(SNPs)。通过该方法,我们初步纳入了90个OSCC相关的Toll样受体通路基因上的相关SNP位点,最终筛选出16个候选SNP位点进行后续分析。在对这16个候选SNP位点进行人群队列研究后,发现了位于TRAF6基因3’UTR区的SNP位点rs5030486,与OSCC易感性有显著性关联。研究结果显示,rs5030486位点的AG基因型有可能降低OSCC的发病风险,同时,该基因型有可能降低OSCC的复发风险。此外,我们检测了24例OSCC患者外周血单核细胞中TRAF6的mRNA表达水平,结果显示,携带rs5030486位点不同基因型的OSCC患者其外周血中的TRAF6表达量有显著性差异,这提示我们该SNP位点可能通过改变mRNA表达水平来影响OSCC的易感性。综上,本研究通过先进的生物信息学筛查手段,及随后的人群队列研究,发现了位于TRAF6基因microRNA靶点区上的SNP位点rs5030486与OSCC的发生发展可能存在相关性。这一结果有助于进一步阐明非编码区SNP位点影响疾病易感性的潜在机制,同时提示我们,该SNP位点可作为OSCC诊断和预后判断的新的候选分子靶标。此外,我们也对研究疾病相关基因的microRNA靶点区SNP的筛选提供了一种新的生物信息学探索模式。