由于分离培养方法的制约,从普通环境中分离得到放线菌新物种的难度越来越大。免培养方法研究表明金属矿样品是潜在的新型放线菌分离源。2000年以来,国外学者陆续从金矿等样品中发现了6个放线菌新种属。2009年报道了第一个分离自硫铁矿的放线菌嗜酸铁微菌。本研究以邯邢铁矿样品为例,在建立样品宏基因组DNA提取方法基础上通过23S rDNA Indel序列PCR-TGGE和克隆文库分析两种免培养方法研究了放线菌多样性,并建立了高效的放线菌分离方法,确定了92株分离菌株的系统发育地位。结果表明,磁铁矿中放线菌主要是嗜中性类群,一般以链霉菌为主,在个别样品中小单孢菌或节杆菌数量占优,可能与铁矿组成有关;铁矿浸汁培养基适于分离链霉菌等典型放线菌,1/5 PCA培养基适于分离微杆菌等放线细菌;培养法和免培养法结果在主要类群方面二者结果一致,在低丰度类群方面有差异,免培养法能检测到的稀有类群不一定能分离得到,反之亦然;除尾矿外同一矿井不同类型样品的放线菌类群基本一致;PCR-TGGE仅能检测到主要类群,不适于研究铁矿样品放线菌多样性。该研究为开发利用磁铁矿放线菌资源奠定了方法学基础,积累了丰富的菌种资源。
英文主题词magnetite; Actinobacteria; culture-independed method; isolation and culture method; phylogeny analysis