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用比较基因组方法从进化角度研究基因选择性剪接变化规律及功能联系
  • 项目名称:用比较基因组方法从进化角度研究基因选择性剪接变化规律及功能联系
  • 项目类别:青年科学基金项目
  • 批准号:30700465
  • 申请代码:C060502
  • 项目来源:国家自然科学基金
  • 研究期限:2008-01-01-2010-12-31
  • 项目负责人:窦同海
  • 负责人职称:助理研究员
  • 依托单位:复旦大学
  • 批准年度:2007
中文摘要:

可变剪接是真核生物重要的精细调节基因表达与功能、形成多样化蛋白产物的机制。本研究通过大范围收集多物种共有直系同源基因各类数据,采用生物信息学手段预测可变剪接方式并形成数据库。优选可变剪接检测方法对其验证,归纳其内在意义,为基因表达与研究提供有意义的帮助。项目已收集11种高等脊椎生物4500 个直系同源基因各类数据,建立了一套分析目标基因可变剪接的流程。基于不同物种不同组织,比较了RT-PCR、荧光定量PCR 与测序、外显子芯片等实验方法,其中荧光定量PCR 与测序结合的方法是适合的,并已应用在重点基因可变剪接验证上。预测与实验验证结果已合并整理,形成基因可变剪接数据库。从结果看,哺乳类与非哺乳类、小型哺乳类与大型哺乳类之间,基因可变剪接差异较大,其中有关PPAR-r可变剪接与小型哺乳类适应性进化的结果已被《Frontiers In Bioscience》接收;有关VEGFA的可变剪接进化规律的分析结果已投稿《Mammalian Genome》杂志。有关mir196a2中的SNP位点与疾病及基因剪接的相关性的结果发表在《J Cancer Res Clin Oncol》上。

结论摘要:

英文主题词Alternative splicing;gene expression regulation;comparative genomics;VEGFA;PPARG


成果综合统计
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