利用本课题组建立的蓝塘猪与长白猪资源家系,在已有猪6号染色体微卫星扫描对肉质性能QTL初步定位基础上,进一步扩大资源群体F2代屠宰测定数量,利用猪6号染色体上的EST设计合成引物,通过DHPLC分析平台对达到染色体显著水平以上的区间重点进行SNP筛查,寻找有效的SNPs,构建猪6号染色体部分cSNP图谱,并对资源家系F2代个体进行SNPs基因型分析,结合屠宰测定的肉质性状资料进行连锁分析,确定与猪
在NCBI的dbEST库搜索与生长、肉质等性状可能相关的EST177条,采用cDNA池直接测序共筛选到21个SNP;利用已建立的长-蓝猪参考家系F2资源群进行基因分型,其中9个SNPs分型后统计其VS和CS值,分析表明这些SNPs 在长-蓝F2代群体中真实存在。利用RH技术对EST进行定位,5条获得较好定位结果E36在10q13(SW1041),E47在15q23-26(SW1263),E53在4q21-23(S0161),E54在SSC10的SWC19标记处,E87在9p21(SW2401);BLAST比对发现5条EST在猪或人中尚没有准确的基因名称,可能是未知的新基因;对E47所在的Titin基因做了3′RACE,延伸出236个碱基。9条EST的基因型与资源家系生产性能作关联分析,发现9个EST多态性与猪的生产性能如背膘、产肉量、生长速度、肉质等相关达显著或极显著水平;对其中与活体B、C点背膘相关联的E53在长白、大白、杜洛克外来纯种猪中进行检测,较好的验证了该结果。本研究为寻找猪重要经济性状相关基因或遗传标记奠定了良好基础。