中文摘要：

栖息地的破坏，已导致红腹锦鸡的生境严重片段化。然而，对于飞翔能力差和不具有迁徙性等生物学特征的红腹锦鸡来说，生境的片段化，是否对物种的遗传结构产生了重要影响，从而威胁着物种及其片段化种群的持续生存呢？鉴此，本项目拟通过线粒体DNA和微卫星DNA两套中性遗传标记的群体检测，探明红腹锦鸡的遗传结构，并阐明栖息地片段化与红腹锦鸡遗传结构之间的相关性。与此同时，红腹锦鸡的栖息生境具有多样化的景观类型特征，在其多样化的景观之中，由于受自身飞翔能力差和不具有迁徙性等生物学特征的限制，不同景观类群的红腹锦鸡在其长期的进化过程中，分别适应了包括气候、植被和食物等因子在内的不同类型的栖息景观。然而，不同景观类群的红腹锦鸡是否进化形成了与其栖息的景观类型相适应的遗传特征呢？鉴此，本项目拟通过MHC这一功能基因标记，揭示该物种景观类群的遗传适应性进化机制，并综上结果，提出就地与易地保护的相关建议。

结论摘要：

本项目克服以往研究中采用跨物种设计同源引物进行分子检测所引起的位点交叉扩增，分型结果模糊不清和位点数据不全等弊端，采用了构建新型反4D文库获取BAC完成图的方法分离红腹锦鸡所有经典MHC位点，并设计位点特异性分型引物对全国范围的13个锦鸡种群展开适应性进化研究。同时，本项目辅以检测了微卫星和线粒体DNA两套中性标记的种群结构，通过对比MHC功能性标记的遗传结构模式，阐明红腹锦鸡不同类群的适应性进化机制。主要结果如下 (1) 首次建立了适于鸟类部分基因组研究的“Reverse-4D”BAC 文库构建的新方法，并解析了红腹锦鸡的MHC基因组； (2) 研发了所有经典MHC基因的位点特异性分型技术，辅以统计秦岭红腹锦鸡的羽色测定数据后，发现羽色的亮度与I类MHC基因的杂合度显著正相关，表明红腹锦鸡的羽色蕴含其免疫系统优劣的信号； (3) 13个红腹锦鸡野生种群的I类和II类MHC基因的分型调查结果表明，红腹锦鸡的MHC基因是以平衡选择和重组事件为主导的进化机制； (4) 微卫星和线粒体DNA结果表明，红腹锦鸡是雄性偏倚的基因流，且存在长江以北向长江以南的种群扩张事件； (5) I类MHC、II类MHC、微卫星和线粒体DNA四套标记的分化结果表明，红腹锦鸡的遗传格局可以定义长江以南、长江以北2个适应单元和四川、中部、佛坪、北部4个管理单元； (6) 管理单元与适应单元的不一致说明红腹锦鸡的当前遗传分化格局受物种特性和环境适应双重因素驱动，各单元内部不宜进行种源交换。