纤维品质改良是棉花育种的重要目标之一。海岛棉纤维品质优良,是改良陆地棉纤维品质的优质基因库。但目前海岛棉的功能基因挖掘较少,相关的序列资源也非常稀缺。前期本实验室开展了大量海岛棉ESTs的测序及构建ESTs生物信息分析系统,发掘了一批重要候选基因并进行了基因功能验证。本项目拟采用454、Solexa测序技术分别对海岛棉纤维进行转录组、数字表达谱测序,构建对应的高通量、并行化生物信息分析软件平台,全面分析和注释序列,建立基因的转录谱和表达谱,阐释纤维发育的转录特征。比较拟南芥根毛及表皮毛发育调控网络、转录因子及细胞壁合成的数据库、纤维发育的重要代谢途径,结合基因表达模式分析,发掘一批纤维发育的重要候选功能基因,并进行初步实验验证。该研究将极大丰富海岛棉的公共资源,有助于揭示纤维发育和纤维品质形成的分子机制,为棉花纤维的遗传改良提供理论基础。
英文主题词Transcriptome;Gossypium barbadense;fiber development;long non-coding RNA;Next generation sequence