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生物信息学与最优化方法
  • 项目名称：生物信息学与最优化方法
  • 项目类别：重点项目
  • 批准号：10631070
  • 申请代码：A0112
  • 项目来源：国家自然科学基金
  • 研究期限：2007-01-01-2010-12-31
  • 项目负责人：章祥荪
  • 负责人职称：研究员
  • 依托单位：中国科学院数学与系统科学研究院
  • 批准年度：2006
中文摘要：

生物信息学是当前国际上生命科学和数学、信息科学交叉的研究热点和前沿领域。由于生物的进化过程是一个遗传优化的过程，所以优化模型在生命现象的数学模型建立中起到了主要作用，最优化算法与数据挖掘方法相结合在生物信息学的研究中具有举足轻重的地位。本项目主要应用优化方法及其他数据挖掘方法包括组合数学、图论、支持向量机等研究当前生物信息学中最受关注的若干重要问题，如系统生物学（基因调控网络）、蛋白质组学、蛋白质结构与功能预测、DNA 序列中操纵子识别、祖先功能基因组预测等，基于生物信息学特点，建立揭示生命现象本质特征的数学模型，设计能满足大规模生物信息处理的高效算法和软件，为有效地解决生物信息学领域的问题提供强有力的支持。同时通过研究这些对优化理论和算法具有挑战性的问题，提炼出一般的优化理论问题并进行研究，例如NP-难问题的近似理论，复杂系统的运筹学模型，启发式算法以及支持向量机、人工神经网络的有关理论问题等。

中文主题词： 生物信息学;最优化方法;运筹学;数据挖掘;系统生物学
结论摘要：

英文主题词Bioinformatics; Optimization; Operations Research; Data Mining; System Biology

成果综合统计
成果类型
数量
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利
  • 获奖
  • 著作
  • 71
  • 25
  • 0
  • 0
  • 0
期刊论文
基于层次聚类的大样本加权支持向量机
A linear programming model based on network flow for pathway inference
Self-organizing map of complex networks for community detection
Protein evolution in yeast transcription factor subnetworks
An information-flow-based model with dissipation, saturation and direction for active pathway infere
SANA: an algorithm for sequential and non-sequential protein structure alignment
Detecting disease associated modules and prioritizing active genes based on high throughput data
Coordinating pricing and inventory control in a fluctuating environment
Binary matrix factorization for analyzing gene expression data
Prediction of protein-RNA binding sites by a random forest method with combined features
Sequence-based protein-protein interaction prediction via support vector machine
双聚类的关联规则挖掘方法
Biomolecular network querying: a promising approach in systems biology
Bridging protein local structures and protein functions
The knowledge-integrated network biomarkers discovery for Major Adverse Cardiac Events
Clustering complex networks and biological networks by nonnegative matrix factorization with various
Remarks on Network Community Properties
稳健的支持向量分类机的优化理论分析
Quantitative function for community detection
Recognition of structure similarities in proteins
Self-organizing map approaches for the haplotype assembly problem
Detecting drug targets with minimum side effects in metabolic networks
Cross-platform method for identifying candidate network biomarkers for prostate cancer
Exploring the constrained maximum edge-weight connected graph problem
Identifying differentially expressed pathways via a mixed integer linear programming model
基于支持向量机的集团信用风险预警研究
一种求解分类问题的新算法
线性支持向量顺序回归机的原始问题的解集分析
Discovering functions and revealing mechanisms at molecular level from biological networks
A trust region method for optimization problem with singular solutions
Predicting gene ontology functions from protein's regional surface structures
Uncovering fuzzy community structure in complex networks
Hubs with Network Motifs Organize Modularity Dynamically in the Protein-Protein Interaction Network
Identification of overlapping community structure in complex networks using fuzzy c-means clustering
Graph kernels, hierarchical clustering, and network community structure: Experiments and comparative
Alignment of molecular networks by integer quadratic programming
Convergence analysis of adaptive trust region methods
不含4，5，6-圈的平面图的均匀染色
森林的非正常均匀染色
一些平面图的无圈边染色
基于非单调线搜索非拟牛顿法的全局收敛性
基于可能性理论的模糊支持向量分类机
NEW ROBUST UNSUPERVISED SUPPORT VECTOR MACHINES
会议论文
Binary Matrix Factorization with applications
Establishing protein functional linkage in a systematic way
New insights into network motif clusters from the views of cellular Localizations and signal pathway
Two improvements of NMF used for tumor clustering
Extracting community structure of complex networks by self-organizing maps
Multilocus Analysis of Case-control Data to Schizophrenia Based on Measures of Information Discrepan
Identifying differentially expressed pathways via a mixed integer linear programming model
Cross-platform method for identifying candidate network biomarkers for prostate cancer
Detecting drug targets with minimum side effects in metabolic networks
Reconstruction of regulator activity in E. coli post-transcription processes
Optimization analysis of modularity measures for network community detection
Detecting community structure in complex networks by optimal rearrangement clustering
Dynamically dysfunctional protein interactions in the development of Alzheimer's disease
Modeling post-transcriptional regulation activity of small non-coding RNAs in Escherichia coli
Reconstruction of regulator activity in E. coli post-transcription processes
Uncovering differentially expressed pathways with protein interaction and gene expression data
Comparative Study on A Class of Evaluation Indices for Community Detection
Inferring gene regulatory networks from expression data with prior knowledge by linear programming
Analysis of protein surface patterns by pocket similarity network
Identifying modules in complex networks by a graph-theoretical method and its application in protein
An approach for clustering protein pockets into similar groups
A hybrid graph-theoretic method for mining overlapping functional modules in large sparse protein in
Remodelling of the inverse DEA model: A prediction tool for not-for-profit organizations
A linear programming model based on network flow for pathway inference
Detecting community structure: From parsimony to weighted parsimony
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