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基于DNA微阵列数据局部模式特征的共调控/表型基因簇发现技术研究
  • 项目名称:基于DNA微阵列数据局部模式特征的共调控/表型基因簇发现技术研究
  • 项目类别:青年科学基金项目
  • 批准号:60803026
  • 申请代码:F020204
  • 项目来源:国家自然科学基金
  • 研究期限:2009-01-01-2011-12-31
  • 项目负责人:赵宇海
  • 负责人职称:副教授
  • 依托单位:东北大学
  • 批准年度:2008
中文摘要:

高通量DNA微阵列技术产生了海量基因表达数据。传统方法缺乏对该类新型数据特点的考虑,在分析中存在着一些问题。围绕如何设计符合基因表达数据特点的数据分析模型和高效算法,本课题展开了广泛、深入的研究,主要侧重基于局部模式特征的共调控/表型基因聚类技术,分别提出了基于编码和FBLD策略的最大子空间共调控基因聚类模型及算法、基于深度优先搜索的"噪音容忍"最大近似子空间共调控基因聚类模型及算法、基于改进枚举树的子空间表型基因聚类模型及算法、基于分枝界定策略的表型基因投影聚类模型及算法、基于局部封闭相似性和"先剪枝"思想的同质三维微阵列基因聚类模型及算法、基于"选择性跳跃"策略的异质三维微阵列共调控基因聚类模型及算法等。研究结果表明,提出的基于局部模式的分析模型和算法执行效果良好,能有效弥补传统方法的不足,高效、准确地发现许多新的、具有实际生物意义的共调控/表型基因聚类,有很高的理论研究价值和广阔的应用前景。三年来,共发表学术论文57篇,申请专利3项,荣获"2010年全国百篇优秀博士学位论文"提名并入选"2011年教育部新世纪优秀人才"。培养博士生5名,硕士生7名,资助28人次参与国际交流。

结论摘要:

英文主题词local pattern; subspace clustering; projected clustering; co-regulated gene; phenotype-related gene


成果综合统计
成果类型
数量
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利
  • 获奖
  • 著作
  • 42
  • 27
  • 1
  • 0
  • 0
会议论文
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