中文摘要：

兔隐孢子虫是近年来新发现的人兽共患虫种，该虫种的群体遗传结构、我国流行虫株的宿主适应性、是否有跨种传播可能尚不明确。项目组已对河南省部分地区兔隐孢子虫进行流行病学调查，基于基于多个基因位点分析发现三种基因型。本项目拟用多位点分型，多位点序列分型及单核苷酸序列多态性对来自不同地域、品种、年龄的兔隐孢子虫分离株进行基因型和基因亚型分析, 用聚类方法研究其群体遗传结构和变异规律；结合流行病学资料和动物感染试验查明典型兔隐孢子虫亚型的生物学表型特征；用生物统计学的回归模型将遗传学差异和表型特征结合起来，揭示兔隐孢子虫宿适应性的遗传基础。与数据库中人兽共患种类相应信息比较，以推测和评估兔隐孢子虫不同基因亚型的公共卫生意义，为隐孢子虫病防控提供理论依据。

结论摘要：

兔隐孢子虫（Cryptosporidium cuniculus）是近年来新发现的人兽共患虫种，该虫种的群体遗传结构、宿主适应性、是否有跨种传播可能尚不明确。项目组前期研究发现, 河南省兔隐孢子虫感染率分别为3.42%(37/1081)、3.85%（44/1144）。第3次省内规模采样及四川、浙江、贵州等地调查但未检到隐孢子虫阳性样品。C. cuniculus 致病性试验显示，分离株能感染免疫抑制的蒙古沙鼠、日本大耳白兔，未感染免疫正常的蒙古沙鼠、BABL/c小鼠和罗曼公鸡。基于18S rRNA、gp60基因分析，分离株均为C. cuniculus，分属于ⅤbA25、ⅤbA32和VbA36亚型。其中VbA36亚型与报道的人隐孢子虫病散发病例病原同源性为100%。将部分C. cuniculus 分离株进行多位点分析，发现15个分离株在9个位点分别形成1～3个亚型和一个单倍型。连锁不平衡分析结果表明C. cuniculus群体为流行性群体结构。对来自中国、瑞典和埃及几种动物源的微小隐孢子虫IId亚型家族111个分离物从12个微卫星、小卫星和单核甘酸序列多态性位点分析，共发现1至11个亚型，形成了25个MLST 亚型。发现这些MLST亚型均有明显的地理分布和宿主适应性。源自中国和瑞士的分离株表现为克隆性群体结构。西亚分离株gp60基因序列检测显示了IId 有较高的核苷酸多样性和独特分布。对我国马属动物隐孢子虫流行病学调查发现隐孢子虫主要流行种类和亚型为Donkey genotype（63XVIaA16G1 (59)、XVIaA16 (2)、XIVIaA11G3 (2)）、C. parvum（22IIdA19G1）、Horse genotype（2VIaA15G4）。14个Donkey genotype分离株在6个基因位点分别形成1～4个亚型，且形成7个MLST亚型，连锁不平衡性分析显示隐孢子虫Donkey genotype为流行性群体结构。本项目还建立了基于18S rRNA基因位点部分长度片段的快速、简单、可视的LAMP检测隐孢子方法。本研究首次系统对我国兔和马属动物的隐孢子虫进行多位点分析和单核酸序列多态性分析，发现这两种动物都有人兽共患的隐孢子虫种类或基因型，且为流行性群体结构。兔隐孢子虫分离株可感染沙鼠、日本大耳白兔。两种动物源隐孢子虫的人兽共患风险均不可忽视。