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遗传算法-偏最小二乘法用于卵巢癌血清蛋白质组数据的特征挑选
  • ISSN号:0490-6756
  • 期刊名称:《四川大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:O64[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]四川大学化学学院,成都610064, [2]四川大学华西公共卫生学院,成都610064
  • 相关基金:国家自然科学基金(29877016)
中文摘要:

统计学t检验结合引入的变量筛选方法——遗传算法-偏最小二乘法(GAPLS)对卵巢癌SELDI-TOF MS数据进行特征筛选,从15154个原始变量中筛选得到4个特征质荷比值,采用支持向量机(SVM)模型的留一法交叉验证结果为95.26%.结果表明这4个质荷比值具有重要的生物学意义,它们或许可以作为卵巢癌的生物标记物,同时GAPLS可以作为一种有效的蛋白质组数据的特征筛选方法.

英文摘要:

Statistics method of two-side t-test combined with a new feature selection method, genetic algorithm-partial least squares algorithm, are used in this paper for the feature extraction for SELDI-TOF MS ovarian cancer data. 4 m/z values are obtained from the original 15154 m/z values and the support vector machines (SVM) classifier works well based on these 4 m/z values. Both 3-fold cross validation and leave-one-out cross validation are used for checking the pattern's stability. The result of leave-one-out cross validation is 95.26 %. The results indicated that genetic algorithm-partial least squares algorithm is an efficient feature extraction method for proteomics data and potential ovarian cancer biomarkers may exist in the 4 m/z values selected in this paper.

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期刊信息
  • 《四川大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:四川大学
  • 主编:刘应明
  • 地址:成都九眼桥望江路29号
  • 邮编:610064
  • 邮箱:
  • 电话:028-85410393 85412393
  • 国际标准刊号:ISSN:0490-6756
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1595/N
  • 邮发代号:62-127
  • 获奖情况:
  • 国家“双效”期刊,四川省十佳科技期刊,教育部全国高校优秀学报二等奖(1995,1999),四川省科技优秀期刊一等奖(1996,2000)
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:10542