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小葱植物内生链霉菌线型质粒pYY8L的端粒与复制区的克隆和鉴定
  • ISSN号:0001-6209
  • 期刊名称:微生物学报
  • 时间:0
  • 页码:452-458
  • 语言:中文
  • 分类:Q933[生物学—微生物学]
  • 作者机构:[1]中国科学院上海生命科学研究院,植物生理生态研究所合成生物学重点实验室,上海200032
  • 相关基金:国家自然科学基金(30870067 30770045 30325003); 国家“863计划”(2007AA021503); 中国科学院知识创新工程项目(KSCX2-YW-G-014)~~
  • 相关项目:极端环境放线菌质粒的复制和遗传操作系统的建立
中文摘要:

从小葱植物中分离到一株编号为36R-2-1B的链霉菌菌株,该菌株含有一个约为280kb的线型质粒pYY8L。【目的】克隆、测序和分析pYY8L新的端粒和复制区。【方法】采用改良的"在凝胶中进行DNA碱处理与酶切"的方法来克隆大的线型质粒pYY8L的端粒,通过构建基因组柯斯文库和次级克隆的方法来缩小和鉴定pYY8L的复制区。【结果】在小葱植物内生链霉菌36R-2-1B中检测到约为280kb的线型质粒pYY8L,克隆了pYY8L的端粒。其末端的152bp包含6个小的回文序列,可以形成复杂的二级结构。利用柯斯文库构建、次级克隆和测序获得了4891bp的pYY8L的复制区。该复制区含有6个基因,其中2个与天蓝色链霉菌线型质粒SCP1的复制基因非常相似,但是邻近的重复序列不同。【结论】采用新的改良的方法克隆和鉴定了pYY8L新的端粒和复制区。本文首次报道了植物内生链霉菌线型质粒的端粒和复制基因。

英文摘要:

Strain 36R-2-1B was isolated from Allium fistulosum and identified as Streptomyces spp.,harboring a ~ 280 kb linear plasmid designated pYY8L.ObjectiveCloning,sequencing and analysis of telomere and internal replication origin of pYY8L.MethodspYY8L telomere was cloned by a modified procedure ─"alkaline treatment and enzyme digestion in gel".The internal replication origin of pYY8L was cloned by construction of a cosmid library and then sub-cloning.ResultsA ~ 280 kb DNA band(pYY8L) of strain 36R-2-1B was detected by pulsed-field gel electrophoresis.The 152-bp telomere,containing six small palindromes and potentially forming complicated secondary structure,was cloned and sequenced.The replication origin of pYY8L was initially cloned on a cosmid and then sub-cloned as a 4891-bp autonomous replication sequence.This sequence was predicted to contain six genes,two of them resembling replication genes of Streptomyces linear plasmid SCP1,but their adjacent iterons were different.ConclusionNew telomere and internal replication origin of Streptomyces linear plasmid pYY8L were cloned and identified.This is the first example of report on telomere and replication genes of linear plasmid from endophytic Streptomyces.

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期刊信息
  • 《微生物学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国微生物学会 中国科学院微生物研究所
  • 主编:谭华荣
  • 地址:北京市朝阳区北辰西路3号中国科学院微生物研究所B401室
  • 邮编:100101
  • 邮箱:actamicro@sun.im.ac.cn
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  • 国际标准刊号:ISSN:0001-6209
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1995/Q
  • 邮发代号:2-504
  • 获奖情况:
  • 国家优秀期刊二等奖,中科院优秀期刊二等奖,中国科协首届优秀科技期刊二等奖
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
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