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刚地弓形虫亲环蛋白基因编码蛋白主要特性与抗原表位的生物信息学分析
  • ISSN号:1673-5234
  • 期刊名称:中国病原生物学杂志
  • 时间:2013.8.8
  • 页码:407-410
  • 分类:R382.5[医药卫生—医学寄生虫学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]湖北省恩施土家族苗族自治州中心医院院感科,湖北恩施445000, [2]山西医科大学医学寄生虫学研究所,山西太原030001, [3]山西医科大学生理学系,省部共建教育部细胞生理学重点实验室,山西太原030001
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(No.81071374)
  • 相关项目:基于蛋白质组学分析的弓形虫速殖子新的保护性抗原研究
中文摘要:

目的应用生物信息学方法分析刚地弓形虫亲环蛋白(cyclophilin protein,TgCyP)基因编码蛋白的主要特性与抗原表位,筛选该蛋白的T/B细胞联合表位。方法利用蛋白分析专家系统(ExPASy)提供的ProtParam、SignalP、SOSUI、SOPMA、PSORT、MotifScan和NCBI上的ORF finder、Bcepred、SYFPEITHI等生物信息学在线分析程序,结合Gene Runner、DNAMAN等生物信息学软件,分析和预测TgCyP蛋白的理化性质、信号肽、可溶性、表面可及性、可塑性,跨膜区,翻译后修饰位点、亲(疏)水性、二级结构、亚细胞定位、T/B细胞抗原表位等。结果该蛋白由179个氨基酸组成,分子式为C884H1378N242O258S4,分子质量单位为19.6523ku,等电点理论值为6.06,波长280nm时的吸光度(A)值为0.787,半衰期为30h,有4个表面可及性参数≥1.9的区域、4个亲水性参数得分≥1.9的区域、7个柔韧性参数得分≥2的区域、9个翻译后修饰位点、8个潜在B细胞表位、3个T/B细胞联合表位,为可溶性表达蛋白。结论 TgCyP蛋白为可溶性表达蛋白,有3个T/B细胞联合表位,具有潜在的免疫保护作用。

英文摘要:

Objective To predict the main characteristics of a cyclophilin of Toxoplasma gondii (TgCy) encoded by a gene and its T/B cell epitopes using bioinformatics. Methods The physico-chemical properties, solubility, surface accessibility, flexibility, post-translational modification sites, signal peptides, transmembrane domains, hydrophilicity/hydrophobicity, secondary structure, subcellular localization, and T/B cell epitopes of TgCy were analyzed and predicted using bioinformatics tools from ExPASy, including ProtParam, SOSUI, SOPMA, PSORT, MotifScan, ORF finder, SignalP, and Bcepred. Analysis was also done with bioinformatics software (Gene Runner, DNAMAN, etc.). Results TgCy consisted of 179 amino acids and had a molecular formula of C884H1378N242O258S4, a molecular mass of 19.652 3 kDa, a theoretical isoelectric point of 6.06, an absorbance (A) of 0.787 (280 nm), and a half-life of 30 hr. The protein had 4 zones with surface accessibility ≥ 1.9, 4 zones with hydrophilicity ≥1.9, 7 zones with flexibility≥2, 9 post-translational modification sites, 8 potential B cell epitopes,and 3 combined T/B cell epitopes, indicating expression of a soluble protein. Conclusion TgCy is a soluble protein with the potential for immune protection because of its 3 combined T/B cell epitopes.

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期刊信息
  • 《中国病原生物学杂志》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国卫生和计划生育委员会
  • 主办单位:中华预防医学会 卫生部疾病控制司 山东省寄生虫病防治研究所
  • 主编:庄辉
  • 地址:山东省济宁市太白楼中路11号
  • 邮编:272033
  • 邮箱:www.cjpb.org
  • 电话:0537-2342934
  • 国际标准刊号:ISSN:1673-5234
  • 国内统一刊号:ISSN:11-5457/R
  • 邮发代号:24-81
  • 获奖情况:
  • 中华预防医学会、系列杂志优秀期刊,山东省优秀期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 英国农业与生物科学研究中心文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:8395