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随机矩阵理论在肝癌基因功能模块识别中的应用
  • ISSN号:1000-6737
  • 期刊名称:《生物物理学报》
  • 时间:0
  • 分类:G633.7[文化科学—教育学] Q6[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]湘潭大学材料与光电物理学院,湘潭410005
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金项目(30570432)
中文摘要:

采用随机矩阵理论方法研究了肝癌的基因表达网络。通过标准误差分析,得到了从富含噪声的肝癌基因网络中分离出真实肝癌基因网络的、去躁最充分的关联系数,分析了由此获得的基因表达网络的13个基因功能模块,发现这些模块与肝癌的产生和发展有密切关系。基于随机矩阵理论的方法克服了以往模块识别方法带有主观因素且不能去除噪声因子的缺陷,是一种有效去除随机噪声、识别基因模块、简化基因网络的方法。由于基因数目的众多及细胞生物过程的复杂性,从整体的角度系统研究HCC基因表达谱,对理解HCC分子机制和探索新的治疗方法有重要的现实意义。

英文摘要:

The function modules of hepatocellular carcinomas (HCC) gene expression network was identified by Random Matrix Theory (RMT). The standard deviation of the eigen-value spacing distribution of the expression correlation matrices to the two RMT distributions was used to identify the transition, where the random components were ultimately removed and the correlation matrix contains the clear and important modular information. By analyzing the lager 13 modules revealed by RMT, It was found that these models were closely related to the form and development of hepatocellular carcinomas. The RMT method, having the advantages of avoiding the objective effects and removing the noise caused by experiments, can be an effective way to identify gene functional modules from the complex gene expression networks. Because of the large number of genes and the complexity of cell biological processes, the systematic study of HCC using RMT from an integral perspective helps to understand the mechanisms of hepatocarcinogenesis at molecule level and to advance effective therapy methods.

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期刊信息
  • 《生物物理学报》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科协
  • 主办单位:中国生物物理学会
  • 主编:沈恂
  • 地址:北京朝阳区大屯路15号生物物理研究所内
  • 邮编:100101
  • 邮箱:acta@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888458
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6737
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1992/Q
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 二次获得中国科协优秀科技期刊奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:7189