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GP—MaxEnt模型的蛋白质二级结构预测
  • ISSN号:0367-6234
  • 期刊名称:《哈尔滨工业大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:TP181[自动化与计算机技术—控制科学与工程;自动化与计算机技术—控制理论与控制工程]
  • 作者机构:[1]哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院,哈尔滨150001
  • 相关基金:基金项目:国家自然科学基金资助项目(60571025);国家高技术研究发展计划资助项目(2006AA012308).
中文摘要:

针对单序列蛋白质二级结构预测问题,提出了一种基于高斯先验最大熵(GP—MaxEnt)模型的预测方法.该方法根据氨基酸的构象偏好进行特征构造,利用改进迭代缩放算法(IIS)训练高斯先验最大熵模型.使用CB513数据集对GP-MaxEnt模型进行了测试分析.试验表明,该方法简单有效,能够获得较好的预测精度.

英文摘要:

Aimed at solving the problem of single-sequence protein secondary structure prediction, a novel method based on Gaussian prior maximum entropy (GP-MaxEnt) model is proposed. In this method, the feature construction was firstly performed based on the conformational preference of amino acid residues, and the improved iterative scaling (IIS) method was used to train the GP-MaxEnt model. CB513 dataset was employed to test this model. The experimental results indicate that the proposed method is effective and can achieve better results in predictive accuracy.

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期刊信息
  • 《哈尔滨工业大学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中华人民共和国工业和信息化部
  • 主办单位:哈尔滨工业大学
  • 主编:冷劲松
  • 地址:哈尔滨市南岗区西大直街92号
  • 邮编:150001
  • 邮箱:
  • 电话:0451-86403427 86414135
  • 国际标准刊号:ISSN:0367-6234
  • 国内统一刊号:ISSN:23-1235/T
  • 邮发代号:14-67
  • 获奖情况:
  • 2000年获黑龙省科技期刊评比一等奖,中国期刊方阵“双效”期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国工程索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:27329