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一种改进的小非编码RNA cDNA文库构建方法
  • ISSN号:0490-6756
  • 期刊名称:《四川大学学报:自然科学版》
  • 时间:0
  • 分类:Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:四川大学生命科学学院功能基因组实验室,成都610064
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(31371325)
中文摘要:

本文使用RNA Antisense Purification(RAP)技术富集纯化sncRNA,有效去除了5S、5.8SrRNA.联合使用Tobacco Acid Pyrophosphatase(TAP)和RNA5’Polyphosphatase处理sncRNA,将5L端为非单磷酸结构的sncRNA转变成单磷酸结构,增加了文库覆盖率.在sncRNA3L端添加poly(A)尾结构以及使用oligo(dT)16VN—adapter锚定引物进行逆转录,间接解决了sncRNA3L端接头定向连接问题,不再使用价格昂贵的腺苷化接头.改进后的sncRNAcDNA文库容量为3×105 cfu,重组率为95%,且测序结果显示,获得的cDNA序列具有较好的完整性.使用这种成本低且行之有效的改进方法,为深入研究sncRNA奠定了基础.

英文摘要:

5S and 5.8S rRNA were removed efficiently by RNA Antisense Purification (RAP). More 5r- monophosphorylated RNAs were acquired after using Tobacco Acid Pyrophosphatase (TAP) and RNA 5' sncRNA Polyphosphatase, which resulted in the increasement of the coverage of the cDNA library. To avoid using the adenylated adapter, a poly(A) structure was added to sncRNA 3r end and then re- verse transcription was carried out with oligo(dT)16VN-adapter primers. This improved sncRNA cDNA library contained 3- 105 independent clones and the recombination rate was 95%. The sequencing results showed that the sncRNA cDNA sequences had good integrity by employing this improved and cost-effective method, which laid the foundation for the further study of sncRNA.

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期刊信息
  • 《四川大学学报:自然科学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:四川大学
  • 主编:刘应明
  • 地址:成都九眼桥望江路29号
  • 邮编:610064
  • 邮箱:
  • 电话:028-85410393 85412393
  • 国际标准刊号:ISSN:0490-6756
  • 国内统一刊号:ISSN:51-1595/N
  • 邮发代号:62-127
  • 获奖情况:
  • 国家“双效”期刊,四川省十佳科技期刊,教育部全国高校优秀学报二等奖(1995,1999),四川省科技优秀期刊一等奖(1996,2000)
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),美国数学评论(网络版),德国数学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:10542