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人Izumo蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测
  • ISSN号:1000-484X
  • 期刊名称:《中国免疫学杂志》
  • 时间:0
  • 分类:R392.11[医药卫生—免疫学;医药卫生—基础医学]
  • 作者机构:[1]第三军医大学全军免疫学研究所,重庆400038, [2]解放军总医院第二附属医院妇产科,北京100091
  • 相关基金:本文受国家自然科学基金(30571708)、“十一五”国家科技支撑计划(2006BA103B12)资助
中文摘要:

目的:预测人Izumo蛋白的二级结构及B细胞抗原表位。方法:以人Izumo基因序列为基础,按Chou-Fasman和Gamier-Robson方法预测其编码蛋白的二级结构,采用Karplus—Schulz方法预测Izurllo蛋白骨架区的柔韧性;按Kyte-Doolittle方法预测其亲水性、Emini方法预测蛋白质表面可能性及Jameson-Wolf方法预测抗原性指数。结果:Chou-Fasman及Gamier-Robson两种方法预测的结果均表明,Izumo蛋白含较多的α螺旋,蛋白第6—17、30~40、88—99、103~120、153—160、173~188、249~260、283.297、334-338和339—346区段可能是Q螺旋中心,第21~25、198~200、245~248和320—323区段可能是8折叠中心。用Kyte-Doolitfle、Emini和Jameson-Wolf方法分别对Izumo蛋白B细胞抗原表位进行预测结果表明,蛋白质第36~42、62~66、94~99、118~122、129~132、151~154、161~164、173~177、205~208、212~216、256~265、271~276、283~288、314—318和336—350区段附近很可能为B细胞表位优势区域。结论:该研究结果有助于确定Izilmo蛋白的B细胞优势表位及发挥免疫避孕的活性部位。

英文摘要:

Objective: To predict and analyze the secondary structure and B cell epitopes of Izumo protein. Methods: The secondary structure and flexible regions of Izumo protein were predicted by the methods of Chou-Fasman, Gamier-Robson and Karplus-Schulz. Moreover, hydrophilicity plot, surface probability plot and antigenic index of Izumo protein were predicted by the methods of Kyte-Doolittle, Emini and Jameson-Wolf, respectively. Results: Izumo protein contained more a helix regions. There were several centers of α helix in the regions of 6-17, 30-40,88-99,103-120,153-160,173-188,249-260,283-297,334-338 and 339-346 of lzumo protein, and several centers of β sheet in the regions of 21-25,198-200,245-248 and 320-323. Moreover, many distinct B cell epitopes in Izumo protein possibly localized in the regions of 36- 42,62-66,94-99,118-122,129-132,151-154, t61-164,173-177,205-208,2!2-216,256-265,271-276,283-288,314-318 and 336-350. Conclusion: These results are helpful for identification of the dominant B cell epitopes and the functional domains of Izumo protein.

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期刊信息
  • 《中国免疫学杂志》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:中国免疫学会 吉林省医学期刊社
  • 主编:田志刚
  • 地址:长春市建政路971号
  • 邮编:130061
  • 邮箱:zhmizazh@126.com
  • 电话:0431-88925027
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-484X
  • 国内统一刊号:ISSN:22-1126/R
  • 邮发代号:12-89
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国期刊方阵“双效”期刊,2007年获吉林省新闻出版局期刊精品奖,2006年获中国科协精品期刊资助项目,2004年获首届北方八省优秀期刊奖,2003年中国免疫学杂志荣获第二届国家期刊奖(百种...,2001年中国免疫学杂志成为首批进入"中国期刊方阵"...,获1994年吉林省十佳期刊提名奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:20795