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HMG-CoA还原酶抑制剂三维药效团的构建
  • ISSN号:1000-6818
  • 期刊名称:《物理化学学报》
  • 时间:0
  • 分类:O641[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]北京中医药大学中药学院,北京100102
  • 相关基金:国家自然科学基金(30472180);国家重点基础研究发展规划项目(973)(2006CB504703);国家中医药管理局项目(04-05ZP03)资助
中文摘要:

以作用于鼠肝脏细胞的21个3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A(HMG-CoA)还原酶抑制剂(RI)为训练集,训练集化合物具备结构多样性,来源于相同药理模型,活性值IC50范围在0.3—8000nmol·L^-1.利用Catalyst计算HMG-CoA还原酶抑制剂最优药效团由一个氢键受体,一个氢键给体,一个疏水基团和一个芳香环特征组成.药效团模型Fixed cost值,Total cost值和Configuration cost值分别为88.75、111.5和16.98.训练集化合物活性计算值与实测值相关系数为0.8883,偏差值为1.269,交叉验证结果表明,药效团模型具有较高的置信度,对测试集化合物活性值的预测结果显示有较好的预测能力,可用于数据库搜索发现新的具有该活性的化合物,也可用于中药或天然产物药物的研究开发.

英文摘要:

A three-dimensional pharmacophore model of 3-hydro-3-methyl glutaryl coenzyme A (HMG-CoA) reductase inhibitors (RI) was developed based on 21 HMG-CoA reductase inhibitors from a rat liver. The selected training set had great diversity in both molecular structure and bioactivity as required by HypoGen program in the Catalyst software. The inhibitors in training set showed HMG-CoA RI inhibiting activity with IC50 values of 0.3-8000 nmol ·L^-1. The best statistical hypothesis, consisting of four features, one hydrogen-bond acceptor, one hydrogen-bond donor, one ring aromatic feature, and one hydrophobic point, had a correlation coefficient of 0.8883, a root-mean-square (RMS) deviation of 1.269, a Fixed cost of 88.75, a Total cost of 111.5, and a Configuration cost of 16.98, this hypothesis had highly predictive ability. The predictive ability was approved by the results of the activity estimated by mapping the compounds of the testing set with it. The cross-validation provided strong confidence on this hypothesis. This pharmacophore model can contribute to the finding and designing of new-type HMG-CoA reductase inhibitors, and to the development of traditional Chinese medicine and materia medica.

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期刊信息
  • 《物理化学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学技术协会
  • 主办单位:北京大学化学与分子工程学院承办
  • 主编:刘忠范
  • 地址:北京大学化学楼
  • 邮编:100871
  • 邮箱:whxb@pku.edu.cn
  • 电话:010-62751724
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-6818
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1892/O6
  • 邮发代号:82-163
  • 获奖情况:
  • 中文核心期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),英国英国皇家化学学会文摘,中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:24781