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单体型推断问题与配对图
  • ISSN号:1000-4424
  • 期刊名称:《高校应用数学学报:A辑》
  • 时间:0
  • 分类:Q71[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]中国科学院数学与系统科学研究院生物信息中心,北京100080, [2]中国科学院研究生院,北京100049
  • 相关基金:国家自然科学基金项目,基金号10471141
中文摘要:

蛋白质结构构象呈现明显的规律,研究其在特定构象空间的分布对蛋白质结构预测和模拟具有重要意义。本文以449个非冗余的高分辨串蛋白质结构为材料,以Ga-Ga距离向量代表蛋白质片段。然后利用主成分分析方法,建立蛋白质片段构象空间的可视化构图,并且单个蛋白质分子可以映射到该空间形成一个顺序连接的路径。从而,可以很直观的分析各长度片段(4-9个残基的片段)的分布情况及其内在的连接关系。图形显示了明显的聚集性,以及各种类型片段与二级结构明显的对应关系。

英文摘要:

Research on conformafional space of protein structure in which proteins take dear regulation plays key role in protein structure prediction and simulation. In this study we make use of 449 nonredundant and high - resolution proteins and represent fragnent based on Ca - Ca distances. Then visualization of conformational space for protein structure fragments is built based on principal component analysis method. And every protein structure can be projected into the space, which form a ordering path. So we can observe the distribution of fragments(4 - 9 residue fragment)and its linkage relationship. The maps bear on distince congregation and every kind fragment corresponding to clear secondary structure.

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期刊信息
  • 《高校应用数学学报:A辑》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:国家教育部
  • 主办单位:浙江大学 中国工业与应用数学学会
  • 主编:林正炎 李大潜
  • 地址:杭州市玉泉浙江大学数学系
  • 邮编:310027
  • 邮箱:amjcu@zjy.edu.cn
  • 电话:0571-87951602
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-4424
  • 国内统一刊号:ISSN:33-1110/O
  • 邮发代号:
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国数学评论(网络版),德国数学文摘,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:3669