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人源HDAC1/2-RbAp46/48核心复合物三维空间构象的电子显微分析
  • ISSN号:1000-3282
  • 期刊名称:生物化学与生物物理进展
  • 时间:0
  • 页码:-
  • 分类:Q158.3[生物学—普通生物学] Q6-3[生物学—生物物理学]
  • 作者机构:[1]中国科学技术大学生命科学学院,合肥230026, [2]中国科学院生物物理研究所生物大分子国家重点实验室,北京100101, [3]中国科学院大学,北京100049
  • 相关基金:国家重点基础研究发展计划(973)(2009CB825503,2010CB912404)和国家自然科学基金(31230018,21261130090)资助项目.致谢 本文所有电镜相关数据收集工作在中国科学院生物物理研究所生物成像中心完成,相关计算工作在中国科学院生物物理研究所浪潮集群计算平台完成.感谢生物成像中心季刚、黄小俊等老师在电镜样品制备和电镜数据收集方面以及凌伦奖老师在计算平台方面提供的帮助.
  • 相关项目:分子纳米结构的自组装及功能研究
中文摘要:

HDAC1、HDAC2和RbAp46、RbAp48是许多重要功能复合物(如NuRD、Sin3等)的核心亚基.这4个亚基在空间上相互作用,形成一个具有去乙酰化酶活性的核心复合物.但该核心复合物的三维空间构象及其对去乙酰化、染色质重塑等功能的可能影响还所知甚少.本研究中,我们包装了含4个亚基的杆状病毒,利用昆虫细胞表达、纯化了HDAC1/2- RbAp46/48核心复合物.在此基础上,利用电子显微镜单颗粒分析方法对该去乙酰化酶核心复合物的三维结构进行了初步解析.结果表明,HDAC1、HDAC2、RbAp46和RbAp48可以形成一个较为稳定均一的复合物,但该复合物中各个亚基并不是以单拷贝、等比例形式存在的.该核心复合物呈现一个非对称的鞍型结构,其背部隆起,大致形成一个三角形,两边分别有一大一小的两翼,两翼中间有个凹槽,直径大约为6 nm,推测为该核心复合物与核小体的结合位置.本研究结果为了解HDAC1/2-RbAp46/48去乙酰化酶复合物各亚基的空间结构组成、与核小体和染色质的可能相互作用以及研究去乙酰化酶活性的作用机理等提供了有益的信息.

英文摘要:

HDAC1, HDAC2 and RbAp46, RbAp48 are core subunits of several important functional molecular complexes, such as NuRD, Sin3. The four subunits interact with each other, forming a complex which has enzyme activity of deacetylation. However, little is known about the overall structure of this core complex and the influences of its structure to the chromatin deacetylation and remodeling activities. Here, we purified the HDAC1/2-RbAp46/48 core complex from the Sf9 cells infected with baculoviruses containing the genes of HDAC1, HDAC2, RbAp46, and RbAp48, and reconstructed the three dimensional architecture of the core complex using negative stain electron microscopic single particle analysis. It is found that the four subunits (HDAC1, HDAC2, RbAp46 RbAp48) can form a stable and uniform complex, but not all of the subunits exist in the form of a single copy or a proportion way in the the complex. It is shown that HDAC1/2-RbAp46/48 core complex presents an asymmetric saddle shape with a triangle shape back bulging. There is a groove, approximately 6 nm in width, in the middle of the wings of the saddle. We hypothesize that the groove is the binding site of the nucleosome, although further analysis is needed. The work reported here sheds a light on the overall structure of the HDAC1/2-RbAp46/48 complex and its interaction with nucleosome and chromatin, and the mechanism of deactylation enzyme activity of this core complex.

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期刊信息
  • 《生物化学与生物物理进展》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院生物物理研究所 中国生物物理学会
  • 主编:王大成
  • 地址:北京市朝阳区大屯路15号
  • 邮编:100101
  • 邮箱:prog@sun5.ibp.ac.cn
  • 电话:010-64888459
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-3282
  • 国内统一刊号:ISSN:11-2161/Q
  • 邮发代号:2-816
  • 获奖情况:
  • 1999年中国期刊奖提名奖,2000年中国科学院优秀期刊特别奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,美国科学引文索引(扩展库),美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:18821