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有向基因组反转和转位排序最小权重问题的1.5k近似算法
  • ISSN号:1000-1220
  • 期刊名称:《小型微型计算机系统》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术]
  • 作者机构:[1]山东大学计算机科学与技术学院,山东济南250101
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(60573024)资助
中文摘要:

随着快速测序技术的发展,基因组重组排序问题已经成为计算生物学的一个重要研究领域.基因组重组操作包括反转、转位和移位操作.其研究目标是寻找最短的重组操作序列,将一种基因组转变为另一种基因组.考虑重组操作所花费的费用,讨论了有向基因组反转和转位排序的最小权重问题,证明该问题的一个下界,并给出一个近似度为1.5k的近似算法,其中k是一个常数,且k≥1.

英文摘要:

With the development of fast sequencing techniques,the problem of sorting by genomes rearrangements has become an important research area of computational biology.There are three classical genomes rearrangements operations: reversal,transposition and translocation.The goal is to find the shortest sequence of genome arrangements operations that transform one genome into another.In this paper,we discuss minimal weight of sorting signed genomes by reversals and transpositions through considering the cost of the genomes rearrangements operations,and establish a lower bound for the problem and give a 1.5k-approximation algorithm,where k is a constant and k≥ 1.

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期刊信息
  • 《小型微型计算机系统》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院沈阳计算技术研究所
  • 主编:林浒
  • 地址:沈阳市浑南新区南屏东路16号
  • 邮编:110168
  • 邮箱:xwjxt@sict.ac.cn
  • 电话:024-24696120 024-24696190-8870
  • 国际标准刊号:ISSN:1000-1220
  • 国内统一刊号:ISSN:21-1106/TP
  • 邮发代号:8-108
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,中国科学引文数据库来源期刊
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,波兰哥白尼索引,荷兰文摘与引文数据库,美国剑桥科学文摘,英国科学文摘数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23212