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基于WEB的关键蛋白质预测平台
  • ISSN号:1008-5599
  • 期刊名称:《电信工程技术与标准化》
  • 时间:0
  • 分类:Q753[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]中南大学信息科学与工程学院,长沙410083
  • 相关基金:国家自然科学基金(No.61370024); 教育部新世纪优秀人才支持计划(NCET-12-0547)资助
中文摘要:

关键蛋白质是指那些在蛋白质相互作用网络中承担重要作用、移除后会使蛋白质复合物功能丧失并导致生物无法存活的节点。随着蛋白质数据库的不断完善和高通量技术的发展,使得通过计算方法的关键蛋白预测得到广泛应用。针对目前软件多为桌面应用程序、用户难以迅速适应的情况,本文设计并实现了一个基于WEB的关键蛋白质预测平台EssentialProtein Finder(EP Finder)。该平台集成了DC、BC、CC、EC、LAC、SC和NC7种关键蛋白质预测算法,还提供包含SN、SP、PPV、NPV、ACC、F和折刀曲线图在内的7种评估方法。平台对蛋白质网络图、算法运行及评估结果提供了可视化展示。该平台具有良好的扩展性。

英文摘要:

Essential proteins are those proteins playing an important role in the protein-protein interaction network,and removal of these proteins will result in a loss of protein complexes′ function and death of organism. Theimprovement of protein databases and the development of the high-throughput technology have made thecomputational methods be widely used in prediction of essential proteins. Because the current software is mostlydesktop applications, it is difficult to be adapted quickly. Therefore, this paper designs and implements an WEBbased protein prediction platform, Essential Protein Finder(EP Finder). It not only integrates seven essentialprotein prediction algorithms likeDC,BC,CC,EC,LAC,SCandNC, but also provides seven evaluationmeasures, includingSN,ACC,PPV,SP,NPV,Fand a chart ofAUC. The Platform provides the visual display ofprotein-protein interaction network, results of algorithms and evaluations. This platform is very scalable as newalgorithms and layout methods can be added conveniently.

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期刊信息
  • 《电信工程技术与标准化》
  • 主管单位:中国移动通信集团公司
  • 主办单位:中国移动通信集团设计院有限公司
  • 主编:梅海涛
  • 地址:北京市海淀区丹棱街甲16号302室
  • 邮编:100080
  • 邮箱:tetas@cmdi.chinamobile.com
  • 电话:010-52696688-7308/7310
  • 国际标准刊号:ISSN:1008-5599
  • 国内统一刊号:ISSN:11-4017/TN
  • 邮发代号:82-942
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 被引量:4245