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基于结构域组合信息预测蛋白质相互作用
  • ISSN号:1006-9348
  • 期刊名称:《计算机仿真》
  • 时间:0
  • 分类:TP391[自动化与计算机技术—计算机应用技术;自动化与计算机技术—计算机科学与技术] Q51[生物学—生物化学]
  • 作者机构:[1]华中科技大学生物信息与分子成像湖北省重点实验室,武汉430074
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(No.90203011,No.30370354).
中文摘要:

基于多个结构域联合作用导致蛋白质间相互作用的假设,提出了一种预测蛋白质间相互作用的新方法。使用支持向量机分析结构域组合对序列的氨基酸理化性质得到其序列特征值,同时采用统计分析的方法获取其频率特征值,最后通过融合上述两种特征估计该结构域组合间发生相互作用的可能性,并以此预测蛋白质间相互作用关系。该方法能够预测所有结构域组合间相互作用关系,且对于蛋白质相互作用关系有着较好的预测效果。

英文摘要:

In this paper, we propose a new, method to predict the interaction possibility of protein pairs. The method is mainly based on SVM algorithm using amino acid sequence information of domain combination pairs, and statistical calculating method as a supplementary. Thus, we can evaluate the interacting probability of all the possible domain combination pairs of each protein pair and preferable effect is obtained in the prediction of protein- protein interaction.

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期刊信息
  • 《计算机仿真》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国航天科技科工集团公司
  • 主办单位:中国航天科工集团公司第十七研究所
  • 主编:吴连伟
  • 地址:北京市海淀区阜成路14号
  • 邮编:100048
  • 邮箱:jsjfz@compusimu;kwcoltd@public.bta.net.cn
  • 电话:010-59475138
  • 国际标准刊号:ISSN:1006-9348
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3724/TP
  • 邮发代号:82-773
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:38378