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德国小蠊变应原BgGSTD1的抗原表位特征及三维结构建模
  • ISSN号:1671-7783
  • 期刊名称:江苏大学学报(医学版)
  • 时间:2011.1.1
  • 页码:18-22
  • 分类:Q819[生物学—生物工程]
  • 作者机构:[1]南京医科大学第一附属医院临床实验研究中心,南京210029
  • 相关基金:国家自然科学基金资助项目(30801016;30972822;81001329;81030054)
  • 相关项目:德国小蠊中丝氨酸蛋白酶过敏原的鉴定及其对肥大细胞的作用研究
中文摘要:

目的:通过生物信息学方法了解德国小蠊变应原BgGSTD1的结构特征,为蟑螂变态反应性疾病的诊断和治疗提供线索。方法:在NCBI数据库中获得BgGSTD1蛋白序列,Blast得到其相似序列,并应用Clustalx 1.83构建同源进化树,联合应用DNA Star多种方法预测其抗原表位,在Scan Prosite数据库中进行Motif预测,并应用SWISS-MODEL服务器进行自动建模,得到其三维结构。结果:德国小蠊BgGSTD1与美洲大蠊谷胱甘肽转移酶在进化上具有较近的亲缘关系。BgGSTD1主要为α+β结构的混合蛋白,其主要抗原表位集中于9-10,58-61,79-81,86-87,179-180,189-190,216。Motif预测其具有一个谷胱甘肽转移酶N-末端区和谷胱甘肽转移酶C-末端区。Swiss-Model服务器预测的三维结构基本能反应BgGSTD1真实的空间构象。结论:通过BgGSTD1的生物信息学分析获得了该变应原分子特征及三维结构模型,为进一步了解和掌握BgGSTD1的结构功能打下理论基础。

英文摘要:

Objective: We conducted bioinformatic analyzes to identify and characterize the structural properties of Delta-glutathione S-transferase(BgGSTD1) from Blattella germanica.,which gave the clue for the diagnosis and therapy of cockroach allergy.Methods: BLAST was applied to search for the proteins,which show high similarities with BgGSTD1.Clustalx 1.83 was used for sequence alignment and phylogenetic tree construction.Antigenic epitopes of BgGSTD1 were predicted by the software of DNA Star.The motif and three-dimensional structure modeling were analyzed by online software in Scan Prosite and SWISS-MODEL web server.Results: The phylogenetic analysis found that BgGSTD1 showed highest similarity with the glutathione S-transferase identified from Periplaneta americana.BgGSTD1 was a global protein,mainly containing α+β secondary structure.Its antigenic epitope were mostly located on 9-10,58-61,79-81,86-87,179-180,189-190,216 regions.Motif analysis found that BgGSTD1 had a soluble glutathione S-transferase N-terminal domain and a soluble glutathione S-transferase C-terminal domain.Three-dimensional structure of BgGSTD1 was also constructed.Conclusion: It seemed that the predicted structure could reflect the real tertiary structure of BgGSTD1,which was useful for the further study of structure-function relationship.

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期刊信息
  • 《江苏大学学报:医学版》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:江苏省教育厅
  • 主办单位:江苏大学
  • 主编:许化溪
  • 地址:江苏省镇江市梦溪园巷30号
  • 邮编:212003
  • 邮箱:
  • 电话:0511-84446824
  • 国际标准刊号:ISSN:1671-7783
  • 国内统一刊号:ISSN:32-1669/R
  • 邮发代号:28-192
  • 获奖情况:
  • 1995年、1999年被评为江苏省优秀学报
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,波兰哥白尼索引,美国剑桥科学文摘,中国中国科技核心期刊
  • 被引量:6001