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分子模拟中的增强抽样方法
  • ISSN号:1005-281X
  • 期刊名称:Progress in Chemistry
  • 时间:2012
  • 页码:1199-1213
  • 分类:O64[理学—物理化学;理学—化学]
  • 作者机构:[1]固体表面物理化学国家重点实验室,福建省理论与计算化学重点实验室,厦门大学化学化工学院,厦门361005, [2]物质计算科学教育部重点实验室,复旦大学化学系,上海200433
  • 相关基金:Acknowledgments: This work was supported by the National Natural Science Foundation of China (No.91027044) and the Ministry of Science and Technology (No.2011CB808505).
  • 相关项目:核糖体对新生肽链,蛋白质与蛋白质之间的相互反应对蛋白质的折叠影响的理论模拟研究
中文摘要:

针对苯二聚体中的六种重要构象的相互作用,对四种新的密度泛函方法(B97-D、BLYP—D3、M06—2X、XYG3)和常用的分子力场(CHARMM、AMBER、MM3、AMOEBA)进行了系统的评测.研究结果不仅突出了这些新型密度泛函方法,特别是XYG3泛函在描述一相互作用体系的实用性,同时也为进一步发展适合描述相互作用体系的分子力场奠定了基础.

英文摘要:

Benzene dimer (bz2) is the simplest prototype of the π-π interactions. Such interactions are ubiquitous in diverse areas of science and molecular engineering. In the present work, we have made assessment on some modern density functional methods including B97-D, BLYP-D3, M06-2X, XYG3, and force field models including CHARMM, AMBER, MM3, AMOEBA on six important interaction modes of bz2. Our results not only highlight the usefulness of these cost-effective methods, which can be used as economic substitutes of the expensive CCSD(T) for complex real-world systems, but also indicate their weakness in the description of the π-π interactions, which points to the future direction for further improvements.

同期刊论文项目
期刊论文 72 会议论文 9 著作 1
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期刊信息
  • 《化学进展》
  • 北大核心期刊(2011版)
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院基础研究局 化学部 文献情报中心
  • 主编:
  • 地址:北京中关村四环西路33号
  • 邮编:100080
  • 邮箱:scinfo@mail.las.ac.cn
  • 电话:010-82627757
  • 国际标准刊号:ISSN:1005-281X
  • 国内统一刊号:ISSN:11-3383/O6
  • 邮发代号:82-645
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国科学引文索引(扩展库),日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:21655