真核生物细胞状态是受内源性和外源性因素共同影响的,真核生物的基因组DNA以染色质的形式存在。所有信号传递途径的终点都是DNA。DNA通过核蛋白复合物组成染色质,染色质是基因调控的一个重要作用位点。过去10年,染色质免疫沉淀技术(chromatin immunoprecipitation assay,Chip)已经成为进行表观遗传信息研究的主要方法,它可以灵敏地检测目标蛋白与特异DNA片段的结合情况,还可以用来研究组蛋白与基因表达的关系,有助于判断何种组蛋白修饰会出现在细胞核中基因组的某一特定位置。因此,Chip是目前研究体内DNA与蛋白质相互作用最好的方法。