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利用染色体区段混合BAC探针鉴定食管癌细胞中的染色体畸变
  • ISSN号:0253-9772
  • 期刊名称:遗传
  • 时间:2014.5.28
  • 页码:558-565
  • 分类:Q345.22[生物学—遗传学]
  • 作者机构:[1]中国医学科学院北京协和医学院肿瘤医院肿瘤研究所 分子肿瘤学国家重点实验室,北京100021, [2]安徽医科大学组织胚胎学教研室,合肥230032, [3]盐城市第三人民医院病理科,盐城224001
  • 相关基金:国家自然科学基金项目(编号:81201593,81330052)和863计划重大专项(编号:2012AA02A503,2012AA02A209)资助
  • 相关项目:食管癌中NTRK3基因重排的鉴定及其作用机制研究
中文摘要:

染色体畸变是恶性肿瘤细胞的重要遗传学特征,文章旨在应用BAC DNA克隆鉴定食管癌细胞中的染色体臂和染色体区段的畸变。针对染色体各区段选取5~10个1 Mb BAC DNA,分别混合制备成特定染色体区段的BAC DNA混合克隆,然后将染色体臂上覆盖所有区段的上述混合克隆进一步混合制备成特定染色体臂BAC DNA混合克隆。利用简并寡核苷酸引物聚合酶链反应(Degenerate oligonucleotide primed PCR, DOP-PCR)标记染色体臂探针,利用切口平移法(Nick translation)标记染色体区段探针,并对食管癌细胞中期染色体进行荧光原位杂交(Fluorescence in situ hybridization, FISH)分析。正常人外周血淋巴细胞中期染色体FISH结果显示,上述方法标记的探针具有较高的特异性。进一步利用染色体臂混合探针,确定了多个食管癌细胞中的染色体重排所涉及的特定染色体臂;利用染色体区段混合探针,鉴定出KYSE140的t(1q;7q)衍生染色体中1q上的断点范围位于1q32-q41。文章成功建立了1 Mb BAC DNA混合克隆探针标记技术,并鉴定出多个食管癌细胞中的染色体臂和染色体区段畸变,不仅为利用 M-FISH 技术鉴定肿瘤细胞中的染色体畸变提供了更为准确的方法,而且还可能进一步将该法推广应用于恶性血液病的核型分析以及产前诊断。

英文摘要:

Chromosomal aberration is an important genetic feature of malignant tumor cells. This study aimed to clarify whether BAC DNA could be used to identify chromosome region and arm alterations. For each chromosome region, five to ten 1 Mb BAC DNA clones were selected to construct mixed BAC DNA clones for the particular region. All of the mixed clones from regions which could cover the whole chromosome arm were then mixed to construct mixed BAC DNA clones for the arms. Mixed BAC DNA probes of arms and regions were labeled by degenerate oligonucleotide primed PCR (DOP-PCR) and Nick translation techniques, respectively. The specificities of these probes were validated by fluorescence in situ hybridization (FISH) on the metaphase chromosomes of normal human peripheral blood lymphocytes. FISH with arm-specific mixed BAC DNA probes showed that chromosomal rearrangements and involved chromosome arms were confirmed in several esophageal cancer cells. By using region-specific mixed probes, the breakpoint on 1q from the deriva-tive chromosome t(1q;7q) was identified in 1q32-q41 in esophageal KYSE140 cells. In conclusion, we established an effec-tive labeling method for 1 Mb BAC DNA mixed clone probes, and chromosome arm and region rearrangements could be identified in several esophageal cancer cells by using these probes. Our study provides a more precise method for identifica-tion of chromosomal aberration by M-FISH, and the established method may also be applied to the karyotype analysis of hematological malignancies and prenatal diagnosis.

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期刊信息
  • 《遗传》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国遗传学会
  • 主编:张永清
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院中国科学院遗传发育所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:yczz@genetics.ac.cn
  • 电话:010-64807669
  • 国际标准刊号:ISSN:0253-9772
  • 国内统一刊号:ISSN:11-1913/R
  • 邮发代号:2-810
  • 获奖情况:
  • 中国自然科学核心期刊,《CAJ-CD》执行优秀奖,2008年12月获“中国精品科技期刊”证书和北京市印...
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,美国生物科学数据库,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2004版),中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版),中国北大核心期刊(2000版)
  • 被引量:23270