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用多项式分布模型评估低质量DNA模板微卫星分型的可靠性
  • ISSN号：0023-074X
  • 期刊名称：Chinese Science Bulletin
  • 时间：0
  • 页码：1763-1770+1855
  • 分类：Q78[生物学—分子生物学]
  • 作者机构：[1]西北大学西部生物资源与生物技术教育部重点实验室,生命科学学院,西安710069, [2]Ecology & Conservation Group, Institute for Natural Sciences, Massey University, Auckland 904, New Zealand, [3]陕西省动物研究所,西安710032, [4]陕西省珍稀野生动物抢救饲养研究中心,西安710402
  • 相关基金：国家自然科学基金（30970379,30970444,30970168）、陕西省自然科学基金（2009JQ3001）、陕西省教育厅科学研究基金（09JK748）和教育部西部资源生物技术重点实验室开放基金资助
  • 相关项目：秦岭川金丝猴雌性迁移与OMU维持机制的研究
作者： 何刚|黄康|郭松涛|纪维红|齐晓光|任轶|金学林|李保国|
关键词： 川金丝猴, 非损伤性采样, 微卫星, 分型错误, 多项式分布模型
中文摘要：

在使用痕量样品（如博物馆样品、古代样品、法医样品以及非损伤性样品）的分子遗传学研究中，由于DNA质量很低，容易导致扩增错误的产生，包括等位基因丢失和假等位基因．本文建立了1个区别对待纯合子和杂合子的多项式分布数学模型，使用2个参数衡量样品的质量，在此基础上计算多管分型法的分型结果正确率．为了检验此模型，本研究从26只秦岭地区川金丝猴（Rhinopithecusroxellana）个体采集非损伤性毛发样品，使用5个四核苷酸重复的微卫星位点进行扩增．根据此模型，实验获得3次阳性PCR结果时，分型结果正确率能够到达99％．对于样品质量很低、需要过多重复实验的样品，本文还推荐了1种替代的分步分型方法，能够进一步减少重复次数．本模型有助于优化实验条件，得到可靠的分型结果．

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期刊信息
  • 《科学通报》
  • 北大核心期刊（2011版）
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国科学院
  • 主编：周光召
  • 地址：北京东黄城根北街16号
  • 邮编：100717
  • 邮箱：csb@scichina.org
  • 电话：010-64036120 64012686
  • 国际标准刊号：ISSN：0023-074X
  • 国内统一刊号：ISSN：11-1784/N
  • 邮发代号:80-213
  • 获奖情况:
  • 首届国家期刊奖,中国期刊方阵“双高”期刊,第三届中国出版政府奖
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘（网络版）,美国数学评论（网络版）,美国工程索引,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊（2004版）,中国北大核心期刊（2008版）,中国北大核心期刊（2011版）,中国北大核心期刊（2014版）,中国北大核心期刊（2000版）
  • 被引量:81792