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基于转录组数据高通量发掘沙葱萤叶甲微卫星引物
  • ISSN号:2095-1353
  • 期刊名称:《应用昆虫学报》
  • 时间:0
  • 分类:Q786[生物学—分子生物学]
  • 作者机构:[1]内蒙古农业大学草原昆虫研究中心,呼和浩特010019, [2]锡林浩特市草原工作站,锡林浩特026000
  • 相关基金:国家自然科学基金(31360441)
中文摘要:

【目的】沙葱萤叶甲Galeruca daurica(Joannis)是近年来在内蒙古草原上猖獗发生为害的一种新害虫。本研究从其高通量转录组数据中查找微卫星序列,并进行微卫星位点的信息分析和微卫星引物的发掘,将为进一步研究沙葱萤叶甲遗传多样性及遗传分化奠定必要的基础。【方法】应用软件MISA对沙葱萤叶甲转录组中72 352条unigenes的数据进行搜索。【结果】共找到3 880个微卫星位点,分布于3 277条unigenes中,其主要重复类型为单核苷酸重复(80.85%),其次为三核苷酸重复(11.08%),再次为二核苷酸重复(7.37%)。单核苷酸重复中主要是A/T基序,占总量的77.76%。从1 814条unigenes中成功设计出2 160对引物,从中随机选取10对引物对沙葱萤叶甲DNA进行扩增,结果全部扩增出目的 DNA片段。【结论】利用沙葱萤叶甲转录组数据开发微卫星引物是可行的,本研究开发的微卫星引物为研究沙葱萤叶甲种群遗传学和功能基因组学奠定了必要的基础。

英文摘要:

[Objectives] Galeruca daurica(Joannis) is a new pest which has had a serious impact on Inner Mongolian grasslands in recent years. We investigated microsatellite sequences from its high-throughput transcriptome database, analyzed microsatellite loci information, and developed microsatellite primers in order to make an essential foundation for further study of the genetic diversity and differentiation of G. daurica populations. [Methods] We used the software MISA to search for microsatellite sequences among 72 352 unigenes of the G. daurica transcriptome database. [Results] 3 880 microsatellite loci distributed in 3 277 unigenes were identified. The main repeat types were mono-nucleotide repeats(80.85%), followed by tri-nucleotide repeats(11.08%) and finally bi-nucleotide repeats(7.37%). The A/T motif was the most abundant(77.75%) in mono-nucleotide repeats. Based on identified microsatellite sequences, 2 160 pairs of primers were designed from 1 814 unigenes, 10 pairs of which were randomly selected and used to amplify the G. daurica DNA. All 10 pairs of primers could amplify the target DNA fragments. [Conclusion] It is feasible to develop microsatellite primers from the G. daurica transcriptome. The primers developed here provide an essential foundation for studying the population genetics and functional genomics of G. daurica.

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期刊信息
  • 《应用昆虫学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:中国科学院
  • 主办单位:中国昆虫学会 中国科学院动物研究所
  • 主编:戈峰
  • 地址:北京朝阳区北辰西路1号院5号中科院动物所
  • 邮编:100101
  • 邮箱:entom@ioz.ac.cn
  • 电话:010-64807137
  • 国际标准刊号:ISSN:2095-1353
  • 国内统一刊号:ISSN:11-6020/Q
  • 邮发代号:2-151
  • 获奖情况:
  • 96、2000年获中科院《优秀期刊三等奖》,92年获中国科协《优秀学术期刊一等奖》,2001进入“中国期刊”方阵,“双百”期刊,排名第96位
  • 国内外数据库收录:
  • 俄罗斯文摘杂志,美国化学文摘(网络版),英国农业与生物科学研究中心文摘,美国剑桥科学文摘,美国生物科学数据库,英国动物学记录,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:3170