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中国人群乙型肝炎病毒基因型间重组的鉴定
  • ISSN号:1673-4254
  • 期刊名称:《南方医科大学学报》
  • 时间:0
  • 分类:R512.62[医药卫生—临床医学;医药卫生—内科学]
  • 作者机构:[1]南方医科大学南方医院感染内科暨肝病中心,广东广州510515
  • 相关基金:国家自然科学基金(30872245)
中文摘要:

目的分析中国乙肝病毒(HBV)的基因型间重组情况,寻找新的重组体。方法下载GenBank中所有来自中国的人HBV全基因组序列,运用片段分型法分析筛选HBV疑似重组序列,并利用生物信息学软件Simplot鉴定重组事件及重组断点。结果1642条人全长HBV序列中发现755条重组序列,共31种重组体。其中B/C重组体22种676条重组序列;C/D重组体5种75条重组序列;A/C重组体3种3条重组序列;C/I重组体1种1条重组序列。排除已有文献报道的重组类型,总共发现4种共4条重组序列。结论在GenBank所有的来自中国地区的HBV全基因组序列中发现31种重组体,其中4种重组体为首次发现,并且C基因型参与中国地区所有的基因型间重组。

英文摘要:

Objective To identify the intergenotype recombination of hepatitis B virus (HBV) in Chinese patients and explore new recombination types of HBV. Methods Complete genome sequences of HBV from Chinese patients were downloaded from GenBank and analyzed by Fragment-typing method to screen the potential recombinants, and the breakpoints of recombination were identified by using Simplot program. Results Thirty-one recombination types including 755 recombinants were identified from 1642 complete HBV genome sequences, including 22 B/C recombination types with 676 recombinants, 5 C/ D recombination types with 75 recombinants, 3 A/C recombination types with 3 recombinants, and 1 C/I recombination type with I recombinant. Conclusion Of the 31 recombination types comprising 755 recombinants, 4 are novel recombination types found for the first time. All these recombination types identified in this study involve genotype C.

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期刊信息
  • 《南方医科大学学报》
  • 中国科技核心期刊
  • 主管单位:广东省教育厅
  • 主办单位:南方医科大学
  • 主编:陈敏生
  • 地址:广州市广州大道北1838号
  • 邮编:510515
  • 邮箱:xbbjb@fimmu.com
  • 电话:020-61648175 61647352
  • 国际标准刊号:ISSN:1673-4254
  • 国内统一刊号:ISSN:44-1627/R
  • 邮发代号:46-10
  • 获奖情况:
  • 国内外数据库收录:
  • 美国化学文摘(网络版),荷兰文摘与引文数据库,美国生物医学检索系统,日本日本科学技术振兴机构数据库,中国中国科技核心期刊,中国北大核心期刊(2008版),中国北大核心期刊(2011版),中国北大核心期刊(2014版)
  • 被引量:25001